Obstaja približno 75,000 znanstveno identificiranih vrst gliv, pri čemer znanstveniki verjamejo, da obstaja kar milijon vrst gliv, ki še niso identificirane. Ker so lahko različne vrste na videz videti enake, je njihova natančna razvrstitev težavna in običajno zahteva uporabo molekularnih orodij, kot je sekvenciranje DNK. Ker je sekvenciranje DNK še vedno razmeroma drago, tudi za glive z veliko krajšimi genomi od sesalcev, bo verjetno minilo še veliko desetletij, preden bo večina z gotovostjo razvrščena.
Običajne vrste vključujejo plesni – ki rastejo v pramenih, imenovanih hife, gobe – plodna telesa glivičnih kolonij in kvasovke – ime za vse enocelične glive. Vendar so to široki izrazi in plesni, kvasovke in gobe lahko najdemo v več taksonomskih kategorijah. Razvrstitev gliv na nivoju phyla je zapletena in se nenehno spreminja. Glive so bile najprej napačno razvrščene kot rastline, vendar so kasnejše preiskave pokazale, da imajo dejansko več skupnega z živalmi. Tako kot rastline in živali so tudi evkarionti.
Filogenetsko obstaja sedem tipov gliv. Prva je Chytridiomycota ali chytrids, najbolj primitivna oblika, z okoli 1,000 identificiranimi vrstami. Ti proizvajajo spore z flagelami (zoospore) in gredo za dvoživkami, koruzo, lucerno, krompirjem in drugimi ranljivimi organizmi. To so najbolj reprezentativne vrste, ki so živele skozi celotno paleozojsko dobo, predvsem vodne.
Blastocladiomycota je druga phlya, ki je bila kot posebna kategorija ustvarjena šele leta 2007. Tako kot chitridi uporabljajo zoospore za razmnoževanje in parazitirajo v vseh večjih evkariontskih skupinah. Tretja vrsta, Neocallimastigomycota, so anaerobne glive, ki zasedajo predvsem želodce prežvekovalcev. Njihovo ime vsebuje grško pripono, ki se nanaša na biče, -mastix, zaradi številnih bičkov. Drugi in tretji tip sta bili sprva napačno razvrščeni kot kitridi.
Četrta vrsta so bolj znane Zygomycota, poimenovane po odpornih sferičnih sporah, ki jih proizvajajo. Če vidite glivico z drobnimi pikami na konicah hif (filamentov), je to Zygomycota. Obstaja več kot 600 vrst tega rodu, med njimi pa je tudi plesen črnega kruha, ki jo ljudje najpogosteje opazijo. Drugi je Pilobolus, ki je sposoben izstreliti spore več metrov po zraku.
Peti tip so glive Glomeromycota, znane kot Arbuscular mycorrhizae (AM). V bistvu ta izraz pomeni “drevesne glive”. Najdemo jih v velikem številu v koreninah več kot 80 % družin žilnih rastlin. To razmerje je simbiotično in starodavno, sega vsaj 460 milijonov let nazaj, do začetka rastlinskega življenja na kopnem.
Šesti tip so Ascomycota, znane kot vrečaste glive. Ti tvorijo ločene sferične vrečke, da zadržijo svoje spore, in vsebujejo največ vrst od vseh vrst. Primeri vključujejo penicilij, smrčke, tartufe, pekovski kvas, lišaji, pepelasto plesen in mnoge druge. Veliko teh vrst je rastlinsko patogenih.
Sedma vrsta so Basidiomycota ali klubske glive. Ta skupina vsebuje najpogostejše gobe. Odlikuje ga prisotnost strukture, ki proizvaja spore, imenovane bazidij, bolj znana kot kapica. Skupaj z Ascomycota so znane kot višje glive.