Z današnjo tehnologijo je nemogoče oceniti natančno število vrst bakterij. Da bi se ljudje resnično približali objektivnemu številu, bi potrebovali stroj, ki bi lahko obdelal zemljo, vodo in kamnine v velikih količinah, izoliral bakterije iz njihovega življenjskega prostora in nato zaporedil genome čim več bakterij v vzorcu.
Danes, glede na to, da sekvenciranje bakterijskega genoma stane pol milijona ameriških dolarjev in traja nekaj mesecev, je to neizvedljivo. Tudi če stroški padejo za bilijon faktorjev, je v tleh toliko mikrobov, da bi bilo njihovo kategorizacijo na ta način previsoko drago.
Namesto sekvenciranja celotnih genomov, bakterijske raziskave uporabljajo odrezke za razlikovanje med različnimi vrstami. To je bolj stroškovno učinkovito kot sekvenciranje celotnega genoma. Ena raziskava je odkrila 20,000 vrst bakterij v 1 liter (približno 1 liter) morske vode.
Drug pristop k določanju količine bakterij v vzorcu je uporaba tehnike, imenovane reasociacija DNK. Pri ponovnem povezovanju DNK znanstveniki uporabljajo kemikalije, da “odpnejo” dve verigi dvojne vijačnice v bakterijski DNK, nato pa ju pomešajo. Združljive verige DNK se bodo ponovno povezale med seboj. Dlje ko traja postopek ponovne asociacije, več vrst je prisotnih v vzorcu. Te meritve časa se lahko uporabijo za oceno biotske raznovrstnosti bakterij v oceanu ali tleh.
Ko je bila ta tehnika uporabljena za vzorec tal v poznih devetdesetih letih prejšnjega stoletja, je bilo najdenih 1990 vrst. Ta tehnika je vključevala domnevo, da so bile populacije različnih vrst bakterij približno podobne, vendar je zdaj znano, da je napačna. Posodobljena raziskava Jasona Gansa je pokazala, da je na 16,000 unče (0.035 gram) zemlje približno milijon vrst bakterij. Medtem ko v tleh prevladuje le nekaj vrst bakterij, obstaja ogromno vrst z nizko številčnostjo.
Drug pristop je uporaba matematičnih modelov krivulj raznolikosti vrst za ekstrapolacijo skupnega števila vrst v danem vzorcu iz informacij o številčnosti nekaj vrhunskih vrst. V prispevku Curtisa, Sloana in Scannela iz leta 2002 “Ocena prokariotske biotske raznovrstnosti in njenih meja” je bilo ocenjeno število taksonov oceanskih bakterij na manj kot 2 milijona, število taksonov v tleh vsaj 4 milijone in število atmosferskih taksonov na najmanj 4 milijone. Ta študija je domnevala, da je bila raznolikost bakterij v gramu zemlje le 6,400 do 38,000 na gram, kar je veliko manj, kot je bilo ugotovljeno v študiji reasociacije DNK.
Trenutno se ocene skupnega števila vrst gibljejo med približno 10 milijoni in milijardo, vendar so te ocene okvirne in se lahko za veliko število vrst razlikujejo. Za primerjavo, verjetno obstaja med 10 in 30 milijoni vrst živali, velika večina jih je žuželk. Število znanstveno priznanih vrst živali je približno 1,250,000. Obstaja skoraj 300,000 priznanih vrst rastlin.