Po zalivu San Francisco je raztresenih 18 otokov, vključno z nenaseljenimi skalami, zaščitenimi zatočišči za prostoživeče živali in razvitimi otoki s precejšnjo populacijo. Nekateri otoki v zalivu San Francisco so precej znani, tako kot v primeru Alcatraza. Mnogi so dostopni samo z zasebnimi vodnimi plovili, kot so jadrnice, in vsaka ima edinstvene lastnosti, zaradi katerih je vredno obiskati, če lahko pridete tja.
Mnogi otoki so namenjeni kot parki in zatočišča. Angelski otok je državni park, ki je dostopen s trajektom z več lokacij po zalivu, Alcatraz pa je narodni park. Obiskovalci teh otokov so dobrodošli skozi vse leto, čeprav je poletje največja sezona za obisk. Obstaja tudi več zatočišč za divje živali, vključno z otoki East in West Marin, otokom Brooks in otokom Bair. Otok Brooks je del okrožja regionalnih parkov East Bay in gosti ptice selivke, mokrišča in sprehajalne poti. Otok Bair je obsežno zatočišče divjih živali v južnem zalivu in je pomemben del ekologije območja zaliva.
Obstaja tudi več otokov v zalivu San Francisco, ki so le malo več kot poveličani skalnati izrastki. Sem spadajo otok Red Rock, na zahodni strani mostu Richmond, skupaj z vzhodnimi in zahodnimi sestrami, otok Ballena Bay poleg Alamede in Pat Rock. Otok Red Rock je tudi edini otok v zasebni lasti v zalivu San Francisco, čeprav dejstvo, da tehnično leži v treh okrožjih, predstavlja izziv za potencialni razvoj.
V zalivu so tudi naseljeni otoki. Eden, otok obalne straže, je namenjen samo vojaški uporabi. Vsi drugi naseljeni otoki so odprti za javnost. Otok Yerba Buena leži sredi mostu San Francisco Bay in gosti civilno prebivalstvo skupaj z majhno postajo obalne straže. Treasure Island, umetni otok, pritrjen na Yerba Buena z nasipom, je nekdanja mornariška baza s civilnimi stanovanji na severnem koncu. Alameda, otok neposredno ob obali Oaklanda, je dostopen po številnih nasipih in ima veliko zbirko primerov viktorijanske arhitekture in arhitekture kraljice Anne.
Ti otoki so, kot je razvidno, precej raznoliki. Številni prebivalci območja Bay so sposobni poimenovati le peščico od 18 otokov, zato se pripravite, da boste navdušili ljudi s svojim lokalnim znanjem. Raznolika bivališča in naravni rezervati na otokih v zalivu San Francisco ponujajo tudi zanimiv presek življenja na območju zaliva, tako ljudi kot živali.