Odgovor na vprašanje, koliko predmetov v periodnem sistemu elementov se naravno pojavlja, je pravzaprav nekoliko zapleten. Običajna modrost pravi, da je prvih 92 elementov, od elementa 1, vodika, do elementa 92, urana, vseh naravnih, vendar so v resnici nekateri od teh elementov zelo nestabilni in so jih opazili šele, ko so bili umetno ustvarjeni. Nekateri verjamejo, da bi morala biti elementa 93 (neptunij) in 94 (plutonij) vključena tudi na seznam naravnih elementov. Posledično je od 94 do 88 elementov »naravnih«, odvisno od definicije, ki jo uporablja.
Elementi se štejejo za “naravno prisotne”, če jih lahko najdemo v naravi, namesto da bi jih bilo treba ustvariti v laboratoriju, in številne predstavitve periodnega sistema elementov vključujejo ločnico med naravnimi in umetno proizvedenimi elementi. Nekateri naravno prisotni elementi imajo zelo nestabilne izotope ali kratke razpolovne dobe, zato na Zemlji obstajajo le občasno in v zelo majhnih količinah. Nekateri ljudje verjamejo, da pri razmišljanju o periodnem sistemu elementov, kot so ti, v resnici ne bi smeli obravnavati kot “naravne”, še posebej, ker jih opazimo le kot neposreden rezultat človekove dejavnosti. Drugi trdijo, da čeprav so v danem trenutku opazne le majhne količine, so “naravne”, ker se lahko pojavijo spontano.
Vprašljivi elementi so element 43, tehnecij; element 61, prometij; element 85, astat; in element 87, francij. Elementa 43 in 61 sta nekoliko nenavadna, saj sta obkrožena s stabilnimi elementi, vendar so ju opazili le v nadzorovanih laboratorijskih pogojih. Elementa 85 in 87 se v naravi pojavljata, vendar le na kratko in zelo redko, zaradi česar je težko določiti dejanski naravni videz teh sramežljivih elementov.
Če so vsi štirje vprašljivi elementi črtani s seznama “naravno prisotnih” elementov, je 90 ali 88 naravnih elementov, odvisno od tega, ali sta neptunij in plutonij vključena na seznam ali ne. Nekateri ljudje vključujejo tudi astat in francij, s čimer se skupno število dvigne na 92 ali 90. Najpogosteje citirana številka je »92«, ki bi jo lahko obravnavali kot prvih 92 vnosov v periodnem sistemu ali prvih 94 minus elementov 43 in 61, odvisno od tega, kako zapleteni se ljudje počutijo.
Pomembno je, da si ljudje zapomnijo, da ob pogledu na periodni sistem elementov »naravno prisotno« ne pomeni nujno »obilno«. Številni naravni elementi so v resnici precej redki, čeprav so bili nekateri nekoč bolj obilni. Ravni elementov se spreminjajo tudi glede na to, kje se oseba nahaja; helij je na primer redek na Zemlji, a ga je veliko okoli Sonca.