Širok žanr pisanja skrivnosti ima številne podzvrste, ki imajo edinstvene in neodvisne značilnosti. Vse skrivnostne zvrsti imajo vsaj delno temeljno razumevanje dogajanja v zgodbi, tako da je treba celotno zgodbo odkriti tekom knjige. Nekatere skrivnostne žanre lahko razdelimo po vrsti problema, druge po postavitvi, tretje pa po ljudeh, ki problem rešujejo. Obstajajo tudi nekateri podzvrsti, ki delujejo tako, da združujejo skrivnostni žanr z drugim žanrom, kot je romanca. Občasno se najdejo knjige, ki kljubujejo žanru, a ko postanejo popularizirane in se pogosto ponavljajo zapleti, postanejo tudi knjige, ki so bile nekoč brez žanra, lastne zvrsti.
Eden najboljših načinov za kategorizacijo skrivnostnih žanrov je glede na tip detektiva, ki rešuje primer. Romani o zasebnih preiskovalcih, na primer, so priljubljena skrivnostna podzvrst, tako kot ljubiteljski preiskovalni romani. Nekateri gredo tako daleč, da kot žanrski vidik navedejo spol osebe, ki rešuje kaznivo dejanje. Na nek način te kategorije seveda pomenijo nastavitve, toda v serijah romanov reševalec zločinov običajno potuje naokoli, da bi ponudil nove izzive.
Čas in kraj, kjer se zgodi skrivnost, lahko štejemo tudi za dokončno podzvrst. Na primer, zgodovinski skrivnostni romani so eden izmed bolj priljubljenih žanrov skrivnosti. Prijetne skrivnosti, ki so zelo dobro definiran tip romana, opredeljujeta tako njihova protagonistka kot njihovo mestno okolje. Skrivnostne zgodbe, ki se dogajajo v daljni prihodnosti, so pogosto v obliki znanstvenofantastičnih skrivnosti, čeprav znanstvenofantastični elementi zgodbe pogosto zasenčijo elemente skrivnosti pri opredeljevanju žanra knjige.
Čeprav vse skrivnostne zgodbe ne vključujejo kaznivega dejanja v smislu, da je bil problem v nasprotju z zakonom, večina vključuje nekakšen problem, ki se obravnava kot zločin. Skrivnosti umorov in zgodbe o kaparjih, na primer, se običajno obravnavajo kot žanri. V nekaterih primerih samo kaznivo dejanje morda ni v nasprotju z zakonom, kot je to v primeru številnih otroških skrivnosti, ki vključujejo zločine na ravni otrok. Izposojena igrača ali izgubljen pes je lahko zločin v otroški skrivnosti, toda otroški detektivi v romanih prav tako pogosto rešujejo velike zločine, ki ovirajo lokalne pravne uradnike.
Končno so številni žanri skrivnosti razdeljeni glede na slog, v katerem je zgodba pripovedana. Trdo kuhani detektivski romani, ki jih običajno obravnavamo kot noir zgodbe, so pripovedani na zelo drugačen način kot zgodovinske ljubezenske skrivnosti. Različne kulture imajo tudi različne konvencije za skrivnostne romane, pri čemer se angleški in japonski žanr skrivnosti nekoliko razlikujeta. V mnogih primerih skrivnostna zgodba prečka številne žanre, zato je treba izumiti nove izraze, da bi se spopadli s pravljicami, ki kljubujejo žanru.