V celostnih sistemih zdravljenja, ki jih navdihujejo hindujci, se čakre obravnavajo kot vrtinci energije. Kot je običajno za starodavne tradicije, so se razvile različice modelov sistema čaker. Nekatere različice so zahodna tradicija, Bön in sistemi tantričnih čaker. Kitajska medicina vključuje tudi energijske centre, ki so podobni čakram.
Večina sistemov čaker ima sedem glavnih čaker, ki se začnejo na dnu hrbtenice in se pomikajo navzgor do vrha glave. Pri opredelitvi čaker se teh sedem imenuje korenska, sakralna, solarni pleksus, srčna, grlena, tretje oko in kronska čakra, ki se lahko ujemajo s skupki živcev v telesu. Ta energija lahko zahteva uravnavanje čaker ali tehnike zdravljenja čaker za ohranjanje dobrega počutja.
Zahodnjaška misel o sistemih čaker je bila pod močnim vplivom prevodov in del Sir Johna Woodruffa in CW Leadbetterja. V zahodni tradiciji so se hindujski koncepti čaker mešali s tradicionalnim razumevanjem kitajske medicine qi ali življenjske energije. Kot velja za mnoge druge tradicije, se v zahodni tradiciji čakre vrstijo od dna hrbtenice do temena na glavi. Izpeljanke New Age običajno povezujejo barvo z vsako čakro, skupaj z drugimi fizičnimi, mentalnimi in čustvenimi značilnostmi. Nekatere različice izpovedujejo obstoj čakre pod nogami, znane kot čakra zemeljske zvezde, in ene ali več čaker nad glavo, znanih kot transpersonalne čakre.
Himalijanska tradicija Bönpo, ki sta jo učila Tenzin in Wangyal Rinpoche, se imenuje Bön. V tradiciji Bön je šest glavnih čaker. Bön čakre ustrezajo šestim budističnim področjem izkušenj. Eden ključnih konceptov te prakse je, da čakre, ki so centri življenjske sile, vplivajo na značaj zaznane resničnosti.
Hindujske tradicije tantrične čakre so pogosto povezane s čutnostjo in spolnostjo. Kundalini jogo se lahko uporablja v tantričnih praksah zdravljenja. Praktikanti si predstavljajo kačo energije, ki je zvita blizu spodnjega dela hrbtenice. Nekatere poze joge se lahko uporabljajo pri zdravljenju čaker, tako da povzročijo, da se kača odvije. To dejanje lahko sproži preobrazbo, pri kateri so prebodene vse čakre, od korenine do krošnje, in posameznikova zavest se zlije z zavestjo vesolja.
Podobno kot sistemi čaker se tudi v kitajski medicini uporablja ideja o energetskih centrih. Življenjska energija se premika navzdol po kanalu blizu sprednjega dela telesa in navzgor po kanalu blizu hrbta. Kot velja za sisteme zdravljenja hindujskih čaker, mora energija prosto teči, da se ohrani zdravje.