Različna področja človeških srednjih možganov so na splošno odgovorna za nezavedne reakcije na zunanje dražljaje. Tukaj se obdelujejo nevronski signali, ki izvirajo iz številnih človeških čutil, vključno z vidom, sluhom in dotikom. Nadzor motorja – številne mišice, potrebne za ustvarjanje kakršnega koli telesnega gibanja – je tukaj usklajen. Polzavestni visoki športniki lahko izkusijo, vključno s povečano neposrednostjo budnosti in natančnim fizičnim odzivom, prihaja iz številnih delov srednjih možganov, ki delujejo učinkovito sinhrono.
Anatomsko in funkcionalno so človeški možgani razdeljeni na prednje, zadnje in srednje možgane. Slednje območje je blizu središča možganov in večinoma ni vidno, razen s pogleda od spodaj. V medicini se imenuje mezencefalon. Običajno se šteje za povečanje in razširitev možganskega debla, ki je odgovorno za bolj osnovne avtonomne funkcije, kot so srčni utrip, dihanje in rast. Po odločitvi za spanje uravnava tanko mejo med počitkom in vzburjenjem, potrebnim za preživetje in rast.
Vmesni možgani so najbolj napredno področje možganov. Medtem ko imajo ljudje spremenljivo izjemno velike prednje in zadnje možgane, imajo vse vretenčarje s centralnim živčnim sistemom to osnovno možgansko strukturo. Poleg tega je njegova splošna arhitektura, organizacija delov enaka tudi pri fosiliziranih paleontoloških živalih.
Eden pomembnejših delov tega področja možganov vretenčarjev je tectum ali corpora quadrigemina, imenovan po svoji kvadrantni strukturi. Vsak od štirih rež se imenuje kolikulus. Glavni snopi vidnega živca iz vsakega očesa se križajo na nasprotne strani tektuma. Klinično je dokazano, da so zgornji ali zgornji kolikuli odgovorni za sakadične premike oči, hitre in majhne vibracije očesnih mišic, ki omogočajo zaznavanje linij in oblik. Spodnji ali nižji par kolikulov sprejema nevronske signale, ki jih sprožijo svetlobna energija, zvočni valovi in gravitacija, ki jih registrirajo ušesa in jih sprejmejo njihovi trohlearni živci.
Možganski pedunki, veliki snopi živcev na obeh straneh hrbtenjače, predstavljajo še eno pomembno področje možganov. Nosijo ne le poučne eferentne živce, kot je okulomotorični nevron, ki je odgovoren za širjenje in zoženje očesnih zenic, temveč tudi aferentne živce iz drugih čutnih organov telesa. Eden najpomembnejših nevronskih signalov je občutek toplote, ki ga v veliki meri registrirajo temperaturno občutljivi živci v koži. Vmesni možgani so odgovorni za obdelavo teh kritičnih okoljskih podatkov in izdajanje korektivnih ukrepov, kot je tresenje mišic.
Velik del poskusov možganov, da popravijo odziv telesa na zunanje dražljaje, je kemični, ne pa stikalo za vklop ali izklop električnih signalov. Hipotalamus in druge možganske žleze izločajo svoje katalitične kemikalije v črno substanco, počrnjeno tkivo v jedru možganskih pecljev. Eden od teh hormonov je dopamin, za katerega je znano, da vpliva na odvisnosti, pa tudi na tako osnovne človeške civilizacijske narave, kot sta samomotivacija in socialno navajanje.