Zaradi poenostavitve lahko moški reproduktivni sistem razdelimo na notranji in zunanji del. Navzven je sistem sestavljen iz penisa in mošnje. Znotraj mošnje so moda, epididimis in vans deferens. Drugi notranji deli moškega reproduktivnega sistema vključujejo prostato, bulbouretralne žleze in sečnico.
Penis je eden najbolj priznanih delov moškega reproduktivnega sistema in ima dva glavna dela. Glava ali glava penisa je del, za katerega se domneva, da pomembno prispeva k užitku spolne izkušnje, vsebuje pa sečni kanal, ki je odprtina, ki omogoča, da urin in seme uideta iz telesa. Drugi del penisa je gred, ki je valjasti del penisa, ki se med spolnim vzburjenjem utrdi in podaljša.
Pod penisom je vrečkasta struktura, imenovana skrotum. Vsebuje dva dela ovalne oblike, znana kot moda, ki sta odgovorna za proizvodnjo in shranjevanje sperme ter proizvodnjo testosterona. V mošnjici so tudi epididimis in vans deferens, ki delujejo kot cevovodna mreža za moški reproduktivni sistem. Druga pomembna funkcija mošnje je, da s širjenjem in krčenjem pomaga uravnavati temperaturo mod, tako da jih izpostavlja večji ali manjši telesni toploti.
Semenski mehurčki se nahajajo blizu dna mehurja. Te majhne vrečaste strukture se povezujejo z deferensom vans. Te strukture proizvajajo večino semenske tekočine. Njegov prispevek je bogat s fruktozo in tako zagotavlja semenčici gorivo, ki ga potrebuje za mobilnost.
Prostata je notranji del moškega reproduktivnega sistema. Nahaja se pod mehurjem in igra vlogo pri proizvodnji semena, saj prispeva tekočine, ki hranijo spermo. Sečnica je prehod, ki prenaša urin iz mehurja v sečni kanal. Ta prehod, ki potuje skozi prostato, prenaša tudi seme. Sečnica je strukturirana tako, da ne omogoča mešanja ali hkratnega transporta semena in urina.
Ob straneh sečnice so bulbouretralne žleze, včasih imenovane Cowperjeve žleze. Te strukture proizvajajo bistro tekočino, ki se pogosto izloča iz penisa v obdobjih, ko je moški spolno vzburjen, vendar pred kakršno koli ejakulacijo. Dejstvo, da se tekočina proizvaja pred ejakulacijo, je pomembno, saj se domneva, da je eden od njenih namenov služiti kot mazivo. Ko odteka v sečnico, naj bi tudi nevtraliziral kislost, ki je lahko posledica urina.