Deli mikroskopa se lahko razlikujejo od mikroskopa do mikroskopa. Vendar pa obstaja nekaj delov, ki so skupni vsem mikroskopom. Za začetek mikroskopi zahtevajo močno svetlobo, zlasti tiste, ki intenzivirajo sliko pri največjih močeh. Včasih se za doseganje cilja povečane svetlobe uporabljajo mikroskopske svetilke, včasih pa bo preprosto zrcalo uspelo. Če je ogledalo eden od delov mikroskopa, ga uporabite za odbijanje svetlobe iz zunanjega vira skozi dno odra.
Oder je ravna platforma, ki drži diapozitive na mestu s pomočjo odrskih sponk. Včasih ima mikroskop mehansko stopnjo. Če je tako, se bo oder dvigoval in spuščal z zasukom enega gumba in se premaknil levo ali desno z uporabo drugega gumba. Koristno je premikati oder, dokler se vzorec ne dvigne nad svetlobo pod odrom. Predmet, ki ga bomo pregledali pod mikroskopom, se imenuje vzorec.
Na vrtljivem nosniku je običajno več objektivnih leč. Vrtljivi nosni nastavek je eden od delov mikroskopa, ki lahko vsebuje dve, tri, štiri ali več objektivnih leč – preprosto ga obrnite, da povečate ali zmanjšate moč. Običajno se vzorec najde z najmanjšo močjo. Torej, na primer, če znanstvenik začne z iskanjem primerka s 4-kratno povečavo; nato se moč po potrebi postopoma poveča na 10X, 40X ali 100X. Poleg tega je leča okularja – leča, skozi katero znanstvenik gleda na vrhu mikroskopa – lahko 10-kratna povečava; posledično se lahko vzorec nato gleda pri povečavi 100X, 400X ali 1000X, ko se združita moč leče okularja in leče objektiva.
Nekateri drugi deli mikroskopa vključujejo gumb za grobo nastavitev in gumb za fino nastavitev. Gumb za grobo nastavitev omogoča velike prilagoditve, da se vzorec izostri. Gumb za fino nastavitev omogoča majhne nastavitve in bi moral biti edini gumb, ki se uporablja pri višjih močeh.
Drugi deli mikroskopa so zbiralna leča in diafragma ali šarenica. Kondenzatorska leča usmeri svetlobo na vzorec. Najbolje deluje, če se uporablja pod višjimi močmi, kot je 400X ali več, in bo naredil sliko veliko bolj ostro. Diafragma ali šarenica je vrtljiva platforma pod odrom. Ima več velikosti lukenj in prepušča različno količino svetlobe do drsnika – debelejši vzorec potrebuje več svetlobe kot tanjši primerek.