Hipotalamus ima tri dele: sprednji, tuberalni in zadnji. Vsak del igra svojo vlogo pri splošnih funkcijah in odgovornostih endokrinega sistema. Splošne odgovornosti vključujejo vključitev v endokrini in živčni sistem. Najpomembneje je, da ta majhen del možganov vzdržuje homeostazo, ki ohranja ustrezne pogoje, ki jih telo potrebuje za pravilno delovanje.
Čeprav je hipotalamus majhen organ v možganih, ima za opravljanje velike naloge. Ima obliko stožca in se nahaja nad možganskim deblom, pod talamusom. Ta del se razteza navzdol, dokler se ne sreča z infundibularnim pecljem, ki je cev, ki je povezana s hipofizo. Na splošno ima ta organ več funkcij, ki so razdeljene na vsakega od treh delov.
Zaradi tega, kako je hipotalamus povezan z več področji centralnega živčnega sistema in limbičnim prednjim možganom, se mora prilagajati glede na različne signale, tako notranje kot zunanje. Vohalna stimulacija pogosto vpliva na endokrine hormone. Glukortikoidi in steroidi vplivajo na odzive, kot sta apetit ali žeja. Izpostavljenost dnevni svetlobi je očiten signal; pomaga uravnavati cikel spanja in budnosti.
Sprednji del hipotalamusa se nahaja spredaj in je odgovoren za več funkcij. Je ključni del termoregulacije, ki je uravnavanje telesne temperature. Termoregulacija se nadzoruje s potenjem in zadihanostjo. Sprednji del uravnava tudi spanje in cirkadiane cikle.
V sredini hipotalamusa se nahaja tuberalna regija. Ta del je zadolžen za žejo in lakoto. Tuberalna regija nadzoruje tudi krvni tlak in srčni utrip. Tudi ta regija uravnava hormone, ki uravnavajo rast, in proizvodnjo dopamina.
Na zadnji strani hipotalamusa je zadnja regija. To področje nadzira zvišanje krvnega tlaka, drgetanje in razširitev zenic. Ta regija vpliva tudi na pomnilniške funkcije.
Kot celota hipotalamus nadzoruje številne pomembne telesne funkcije. Ta majhen organ v možganih nadzira in sprošča nevrohormone. S pomočjo teh hormonov se nadzoruje delovanje hipofize, pa tudi presnovni procesi celotnega avtonomnega živčnega sistema.
Poleg hormonov in nadzora presnovnih vidikov hipotalamus nadzoruje in sprošča tudi hormone, ki vplivajo na endokrini sistem. Endokrini hormoni se pošiljajo v hipofizo in igrajo vlogo pri določenih vedenjih, ki temeljijo na čustvih, kot so jeza, tesnoba ali strah in spolne aktivnosti.