Obstaja veliko različnih stranskih učinkov, ki jih lahko povzročijo kapljice za oko, vendar je specifična narava neželenih učinkov pogosto odvisna od vrste zdravila v kapljicah. Kapljice za oko lahko dražijo površino očesa, tudi če so kapljice zasnovane tako, da zmanjšajo dražilne simptome, kot sta pordelost ali srbenje. Kapljice za oko lahko povzročijo tudi glavobole, nelagodje v želodcu, zaspanost in razdražljivost. Nekatere vrste zdravilnih kapljic za oko lahko poškodujejo oči osebe, če se uporabljajo predolgo.
Pogosti stranski učinki kapljic za oko so pordelost in draženje. Ti simptomi se lahko pojavijo na površini očesa in lahko izginejo, ko se uporabnik navadi na zdravila, ali pa se poslabšajo, če bolnik zdravila ne prenaša dobro. Kot stranski učinek kapljic za oko se lahko pojavijo tudi zbadanje, pekoč občutek, zabuhlost in občutek, da je nekaj v očeh.
Nekatere kapljice za oko povzročijo, da se zenica razširi ali skrči. Ti simptomi so lahko začasni, običajno trajajo nekaj ur, čeprav lahko nekatere kapljice za oko ustvarijo ta učinek ves čas uporabe. Ti učinki lahko povzročijo občutljivost na svetlobo. Povezani neželeni učinki kapljic za oko vključujejo težave pri ostrenju in zamegljen vid.
Kapljice za oko lahko prizadenejo tudi druge telesne sisteme. Glavoboli so eden najpogostejših neželenih učinkov kapljic za oko, čeprav se lahko pojavijo tudi želodčne težave, vključno z drisko in slabostjo. Ti neželeni učinki niso pogosti in jih najpogosteje opazimo pri kapljicah za oko, ki dajejo zdravila, in ne pri kapljicah brez zdravil.
Kapljice za oko lahko vplivajo tudi na kardiopulmonalni sistem. Pri nekaterih vrstah kapljic se lahko pojavita pospešen srčni utrip in oteženo dihanje, medtem ko druge povzročijo počasnejše dihanje in srčni utrip. Sicer zdrav bolnik običajno ne bo imel resnih zapletov zaradi teh stranskih učinkov kapljic za oko, vendar bi lahko bolnik z že obstoječo boleznijo srca to stanje poslabšal.
Nekatere vrste kapljic za oko lahko resno poškodujejo oko. Anestetične kapljice lahko poškodujejo roženico, dekongestivne kapljice za oko pa lahko povzročijo glavkom, pogosto hitro in brez opozorila. Bolniki, pri katerih pride do nenadne spremembe vida, se morajo nemudoma posvetovati z zdravnikom, ker lahko nekatera od teh stanj trajno poslabšajo vid.