Pogosti stranski učinki ablacijskih operacij so običajno odvisni od vrste ablacije, ki se izvaja. Ablacija endometrija, srčna ablacija in toplotna ablacija so nekatere najpogostejše operacije ablacije in imajo bolj specifične stranske učinke, povezane z vsakim postopkom. Ti neželeni učinki lahko vključujejo krče, krvne strdke in modrice. Kot pri vsaki operaciji so lahko bolečina, pordelost na mestu kirurškega posega in okužba pogosti neželeni učinki ablacije.
Operacije ablacije so se pogosteje povečale zaradi manj invazivne narave postopka. Čeprav je pri ablaciji lahko veliko pogostih neželenih učinkov, je neželenih učinkov veliko manj kot tistih, ki jih povzroči dolgotrajna operacija. Namesto histerektomije se na primer opravi ablacija endometrija. Okrevanje po operaciji ablacije je tudi drastično manjše kot pri bolj invazivnem postopku.
Ablacija endometrija je kirurški poseg, pri katerem se odstrani endometrijska plast maternice. Pogosti neželeni učinki ablacije endometrija so izcedek iz nožnice, menstrualni krči in pogosto uriniranje. Bolnice bi lahko imele tudi perforacijo maternice ali težave s črevesjem, ki so manj pogosti neželeni učinki. Vsaka huda krvavitev, bolečine v križu ali krči v trebuhu so lahko znak resnejšega zapleta pri operaciji in jih mora obravnavati zdravstveni delavec.
Srčne ablacije odstranijo nenormalno srčno mišico, ki bi lahko povzročila, da ima bolnik srčne aritmije. Bolniki, ki so podvrženi tovrstni operaciji, bi lahko imeli pogoste neželene učinke ablacije srčne mišice, kot so krvni strdki, krvavitve in nove aritmije. Drugi in potencialno hujši stranski učinki srčne ablacije vključujejo stenozo pljučne vene in perforacijo srčnih tkiv, vključno z venami in stenami srca. Zasoplost, kašelj s krvjo ali bolečina v prsnem košu so lahko znaki resnih zapletov in jih je treba nemudoma posvetovati z zdravstvenim delavcem.
Termična ablacija je običajen postopek za odstranjevanje krčnih žil na nogah bolnikov. Bolečina, krvni strdki in modrice so pogosti stranski učinki ablacije, ki se uporablja pri zdravljenju krčnih žil. Nekateri bolniki se lahko po posegu počutijo utrujeni. Manj pogost stranski učinek pri nekaterih bolnikih je otrplost vzdolž golen.
Čeprav so izredno redki, so možganska kap in poškodbe živcev resni stranski učinki, povezani z ablacijskimi operacijami. Študije so pokazale, da bi bila večina ljudi lahko dobri kandidati za ablacijo. Ljudje, ki imajo alergije na hrano, motnje strjevanja krvi ali aktivne in ponavljajoče se okužbe, se lahko pogovorijo s svojimi zdravniki o tveganjih in koristih, povezanih z ablacijskimi operacijami.