Melatonin je hormon, ki se proizvaja v epifizi in včasih deluje kot antioksidant. Glavna funkcija tega posebnega hormona je uravnavanje delovanja telesne biološke ure, tako da lahko posameznik doseže reden cikel spanja in budnosti. Ko ravni melatonina niso usklajene, zdravniki včasih dajejo prehransko dopolnilo, ki pomaga obnoviti ustrezen cirkadiani ritem in zdraviti zdravstvene težave, kot je nespečnost. Vendar pa se v tem obdobju zdravljenja lahko pojavijo nekateri neželeni učinki.
Kot pri mnogih vrstah zdravljenja s hormonskimi dopolnili, melatonin zagotavlja koristi, ki bi jih bilo težko doseči na kakršen koli drug način. Hkrati so lahko stranski učinki melatonina od blagih do hudih. Zato je pomembno, da jemljete le odmerke, ki jih predpiše zdravnik, in tudi, da o morebitnih neželenih učinkih obvestite zdravnika takoj, ko se pojavijo. To bo zdravstvenemu delavcu omogočilo prilagoditev odmerka, da bi dosegli največjo korist, hkrati pa zmanjšali pojav neželenih učinkov.
Med pogostejšimi stranskimi učinki melatonina so simptomi, ki so nekoliko podobni znakom prehlada ali gripe. Bolnik lahko doživi ponavljajočo se slabost, ki jo spremljajo krči v trebuhu. Pojavijo se lahko tudi epizode omotice. Glavoboli niso redki že pri majhnih odmerkih melatonina. Običajno lahko zdravnik predpiše zdravila, ki olajšajo te vrste učinkov, ne da bi pri tem vplivala na koristi, ki izhajajo iz hormonskega dodatka.
Obstaja tudi nekaj neželenih učinkov melatonina, ki spremljajo korist spanja. Pacient lahko ugotovi, da sanje postanejo izjemno žive in realistične. V nekaterih primerih se lahko razvijejo nočne more, zaradi česar se bolnik po celotni noči sanj počuti manj spočit. Rahlo prilagajanje odmerka lahko včasih ublaži neželene učinke te vrste.
Primer manj pogostega stranskega učinka je izguba spolnega nagona pri moških in ženskah, ki jemljejo hormon. V nekaterih primerih bolnik izgubi vsakršno zanimanje za spolno aktivnost, drugi pa ugotovijo, da dobi manj užitka od fizične intimnosti. Obstaja nekaj poročil o primerih, ko je zdravljenje z melatoninom negativno vplivalo na delovanje moškega in ženskega reproduktivnega sistema.
Bolniki, ki se že soočajo z depresijo, imajo zelo verjetno neželene učinke melatonina. Depresija se lahko poglobi, kar povzroči, da ima posameznik višjo stopnjo razdražljivosti in poglobi željo po umiku iz družbenih dejavnosti. Terapija z melatoninom lahko negativno vpliva tudi na ljudi, ki trpijo za anksioznimi motnjami, tudi če depresije ni.
Na splošno se ljudje z visokim krvnim tlakom, epileptičnimi napadi v anamnezi ali z znaki bolezni jeter ne smejo zdraviti z dodatki melatonina. Poleg povečanega potenciala za doživljanje celotnega spektra neželenih učinkov lahko zdravljenje poslabša vsako od teh zdravstvenih stanj.