Čeprav laparoskopska operacija povzroči manj poškodb tkiva kot odprta operacija, kot pri vsakem kirurškem posegu obstaja tveganje zapletov. Čeprav so številni od teh zapletov manjši in jih je enostavno rešiti, se pojavijo pri 1-5 odstotkih vseh laparoskopskih operacij, stopnja smrtnosti pri laparoskopskih zapletih pa je približno 0.05 odstotka. Nekateri najpogostejši zapleti nastanejo zaradi neželene reakcije na anestezijo, ki lahko vključuje zaplete pri dihanju in srčno aritmijo. Drugi pogosti zapleti pri laparoskopiji vključujejo okužbo, pljučnico, bronhitis, prekomerno krvavitev in nastanek brazgotin. Ti zapleti se lahko pojavijo po odprti operaciji ali laparoskopski operaciji, vendar so po laparoskopiji manj pogosti.
Laparoskopska operacija lahko povzroči poškodbe črevesja, trebušnih organov, ven in arterij. Neizkušeni kirurgi lahko nenamerno preluknjajo črevesje ali druge dele prebavil z dolgimi, koničastimi kirurškimi instrumenti, ki jih uporabljajo. Čeprav so te poškodbe redke, lahko povzročijo potencialno nevarno stanje, imenovano peritonitis, ki je vnetje peritoneja. V nekaterih primerih je potrebna nadaljnja operacija z večjim rezom, da se popravi poškodovano tkivo ali ustavi krvavitev.
Bolniki lahko utrpijo tudi neopažene električne opekline, ki jih povzročijo elektrode, ki prenašajo tok v okoliško tkivo. Te opekline lahko povzročijo peritonitis. Aktivni nadzor elektrode odpravlja tveganje nenamernih notranjih električnih opeklin.
Bolniki, ki imajo motnje strjevanja krvi ali imajo zaradi prejšnjih operacij nastalo brazgotinsko tkivo, so izpostavljeni večjemu tveganju za zaplete pri laparoskopiji. Bolniki, ki imajo podpovprečni indeks telesne mase, so prav tako izpostavljeni večjemu tveganju. Njihovi kirurgi se lahko zaradi teh dejavnikov odločijo za odprto operacijo.
Plin ogljikov dioksid, ki se uporablja za napihovanje trebušne votline med operacijo, lahko povzroči tudi zaplete pri laparoskopiji. Hladen, suh plin lahko povzroči hipotermijo in peritonealno poškodbo. To tveganje zmanjšamo z vlaženjem in segrevanjem plina ogljikovega dioksida.
Bolniki z respiratornimi motnjami morda ne bodo prenašali širjenja trebušne votline z uporabo ogljikovega dioksida, zato bo namesto tega potrebna odprta operacija. Nadaljnji zaplet povzroča plin ogljikov dioksid, ki po operaciji ostane v trebušni votlini. Plinski žep se lahko dvigne v trebuhu in pritisne na diafragmo, kar povzroči bolečino, ko bolnik diha. To je običajno začasno stanje, ki se ublaži, ko telesna tkiva absorbirajo odvečni plin.
Incizijska črevesna hernija je še en potencialno resen zaplet pri laparoskopiji, ki je posledica nepravilnega zapiranja mest, večjih od 0.4 palca (10 mm), ki se uporabljajo za uvedbo kirurških instrumentov med operacijo. Ključnega pomena je, da je fascia pravilno zaprta. Simptomi črevesne kile vključujejo občasno slabost in bruhanje.
Okužba je še en pogost zaplet pri laparoskopiji. V primeru okužbe se običajno daje antibiotik. Da bi se izognili zapletom pri laparoskopiji, nekateri kirurgi pred operacijo predpišejo antibiotike, kadar obstaja povečano tveganje okužbe zaradi bolnikovega nezadostnega imunskega odziva.