Zapleti pri kateterizaciji so odvisni od področja telesa, v katerega je kateter nameščen, in od tega, ali je kateter na mestu za kratek ali dolgotrajen čas. Seznam pogostih zapletov kateterizacije vključuje okužbe, poškodbe tkiva, blokade, poškodbe krvnih žil, zastrupitev krvi in alergije. Okužba je univerzalni zaplet vrst katetrov, nameščenih znotraj.
Katetri za sečil se bodisi vstavijo v sečnico ali namestijo navzven okoli penisa za drenažo mehurja. Pri interno nameščenih katetrih so najpogostejši zapleti kateterizacije okužbe sečil, blokada in poškodbe tkiva. Zamašitev povzročajo mineralne soli, ki jih proizvajajo mikroorganizmi, ki medsebojno delujejo z usedlinami urina in lahko povzročijo nelagodje. Stalni katetri lahko povzročijo tudi zastrupitev krvi, okužbe ledvic in poškodbe ledvic, čeprav so ti neželeni učinki redkejši. Lateks v katetrih, ki ovijajo penis, lahko pri nekaterih bolnikih povzroči alergijske reakcije.
Katetri se vstavijo tudi v venski sistem za prenašanje hranljivih tekočin in zdravil. Katetre lahko vstavimo v periferni venski sistem, na primer v roko, za prenos intravenskih tekočin ali zdravil. Kateter je lahko tudi centralni venski kateter, ki se vstavi v veliko veno blizu ali v srcu. Najpogostejši zapleti vstavitve centralne vene so okužba, nastanek krvnih strdkov in zamašitev cevi. Periferni venski katetri imajo enake težave kot centralni venski katetri, vendar bolj verjetno povzročajo flebitis, vnetje vene, kot centralni venski katetri.
Kateter se lahko vpelje tudi skozi krvne žile v srce. V tem primeru lahko zdravnik povzroči bolečino in krvavitev ob vstavitvi cevi. Čeprav je bolečina lahko tako lahka kot običajno nelagodje, je lahko tudi posledica nenamerne poškodbe krvne žile – poškodbe, ki je lahko tako obsežna kot luknje v žili, ko zdravnik manevrira s kateter do srca. Pacient je lahko tudi alergičen na barvilo, ki se uporablja pri postopku srčne kateterizacije.
Otrok lahko vstavi popkovni kateter, če potrebuje stalne hranljive tekočine, zdravila ali če mora zdravnik redno jemati vzorce krvi. Okužba je eden najpogostejših zapletov kateterizacije v takih situacijah. Popkovni kateter lahko tudi omeji pretok krvi v enega od otrokovih okončin ali organov. V cevki lahko nastane tudi krvni strdek, ki je lahko usoden.