Odpoved ligacije jajcevodov je dokaj redek pojav, ko pa se zgodi, je običajno posledica enega od redkih pogostih vzrokov. Postopek se lahko izvede napačno, zaradi česar ostane prehod za jajčece in spermo. V nekaterih primerih se lahko konci cevi spet zrastejo skupaj. Ko se jajcevodne cevi zaprejo s sponkami ali obroči, se lahko te naprave zrahljajo ali zdrsnejo z mesta in ponovno odprejo cevi. Ženske morda tudi ne morejo normalno zanositi, vendar so bolj nagnjene k zunajmaternični nosečnosti po ligaciji jajcevodov.
Eden najpogostejših razlogov za neuspeh tega postopka je, da se ne izvaja pravilno. Če kirurg ni dovolj usposobljen za pravilno izvedbo ligacije ali naleti na težave s potrebnim instrumentom, kot je laparaskop, cevi morda ne bodo popolnoma zaprte. Lahko ostanejo delno odblokirani ali pa so naprave, ki jih držijo zaprte, morda postavljene na napačno mesto. Ženske z določenimi fizičnimi težavami, kot so debelost ali medenične adhezije, je morda težje pravilno izvesti postopek. Včasih lahko kirurg napačno zaveže okrogle ligamente v bližini maternice, ker jih zamenjajo za jajcevode.
Druga težava, ki pogosto povzroča okvaro, je ponovna pritrditev cevi. Ta proces, imenovan spontana reanastomoza, se lahko pojavi, če konca prerezane cevi nista ločena dovolj daleč narazen. Lahko se pojavijo tudi težave s šivi, uporabljenimi v postopku, ki omogočajo, da se konci spet zrastejo skupaj. V nekaterih primerih se lahko na mestu, kjer so bile cevi prerezane, oblikuje fistula ali endometrioza in ustvari prehod med njimi.
Ženske, ki imajo določene vrste postopkov, imajo večjo verjetnost, da bodo doživele okvaro ligacije jajcevodov kot druge. Naprave, kot so obroči, zanke ali sponke, ki držijo cevke zaprte, vendar jih dejansko ne poškodujejo, so lahko nameščene napačno ali lahko zdrsnejo, tako da ne blokirajo več popolnoma prehoda sperme ali jajčec. Postopki, ki bolj poškodujejo cevi z dejanskim rezanjem, brazgotinjenjem ali sežiganjem, so veliko manj verjetno neuspešni.
Čeprav lahko postopek ligacije jajčeca ustavi prehod jajčeca, se lahko, če ostane odprt še majhen prehod, lahko manjše sperme prebijejo skozi. To lahko povzroči zunajmaternično nosečnost. To ni le neuspeh postopka, ampak je lahko tudi življenjsko nevaren za žensko.