Bolečine v želodcu pri malčkih so pogosto posledica plinov, zaprtja ali neke vrste virusa, ki lahko povzroči bruhanje in drisko. Malčki lahko občutijo tudi bolečine v želodcu po zaužitju mlečnih izdelkov, če ne prenašajo laktoze. Pogosto je težko določiti točen vzrok bolečine v želodcu pri malčkih, ker je otrok te starosti morda premlad, da bi v celoti razložil svoje simptome. V večini primerov je bolečina v želodcu pri malčku manjša in bo hitro minila. Starši naj otroke peljajo k zdravniku, če bolečino v trebuhu spremlja visoka vročina ali če se zgodi, da traja več kot dan ali dva, ne da bi pojenjala.
Plin, ki povzroča bolečine v želodcu pri malčkih, običajno hitro izgine, vendar je lahko zelo neprijeten, dokler ne izgine. Otroci, pri katerih se pojavi plin, so to morda storili zato, ker so pojedli nekaj, kar se jim ni strinjalo. Sadni sokovi so pogosti povzročitelji plinov pri otrocih in mnogi starši so krivi, da jih svojim otrokom dajejo preveč. Sorbitol je vrsta sladkorja, ki ga najdemo v večini vrst sadnih sokov, ki ga ni mogoče prebaviti in zato pogosto povzroča boleče pline. Zdravniki staršem običajno svetujejo, naj otrokom ne dajo več kot eno porcijo sadnega soka vsak dan.
Zaprtje lahko povzroči tudi bolečine v želodcu pri malčkih. Majhni otroci imajo pogosto težave z zaprtjem, zlasti ko začnejo prvič preizkušati veliko različnih živil. Nezrelemu, nerazvitemu prebavnemu sistemu lahko traja nekaj časa, da se navadi na predelavo nove hrane, in to je pogosto razlog za zaprtje pri malčkih. Večino časa se zaprtje odpravi v treh do štirih dneh. V nasprotnem primeru lahko starši otrokom dajo supozitorije ali jih nahranijo z veliko hrušk in suhih sliv, kar obema pomaga pri premikanju črevesja.
Želodčni virusi in laktozna intoleranca sta še dva vzroka za bolečine v želodcu pri malčkih. Običajno ni preveč težko določiti želodčnega virusa kot vzroka za katero koli vrsto bolečine v trebuhu, ker bolečino običajno spremljajo bruhanje, driska in morda zvišana telesna temperatura. Laktozno intoleranco je običajno veliko težje diagnosticirati. Starši, ki opazijo, da se njihovi malčki pritožujejo nad želodčnimi težavami takoj po zaužitju živil, ki vsebujejo mlečne izdelke, naj to omenijo svojim otroškim pediatrom. Intoleranco na laktozo je mogoče odpraviti tako, da iz prehrane izločimo mlečne izdelke in mnogi otroci jo prerastejo v času pubertete.