Neželenih učinkov trazodona ne občutijo vsi, ki jemljejo to zdravilo, in ko se pojavijo neželeni učinki, so običajno blagi. Najpogosteje poročani neželeni učinki trazodona vključujejo gastrointestinalne motnje, omotico ali glavobole. Resnejši neželeni učinki lahko vključujejo osebnostne spremembe, težko dihanje ali otekanje stopal ali rok. Včasih se lahko pojavi potencialno smrtna alergijska reakcija, znana kot anafilaksa, tudi če je bilo to zdravilo v preteklosti dobro prenašano. O vseh vprašanjih ali pomislekih glede neželenih učinkov trazodona na individualni osnovi se je treba posvetovati z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Večina stranskih učinkov trazodona je blagih in začasnih, saj se ponavadi zmanjšajo ali izginejo, ko se telo lahko prilagodi novemu zdravilu. Vse simptome, ki so vztrajni ali še posebej moteči, je treba obvestiti zdravnika. Omotica in zaspanost sta med najpogostejšimi stranskimi učinki trazodona, zato je potrebna previdnost pri opravljanju katere koli naloge, ki zahteva veliko osredotočenosti ali koncentracije. Glavoboli in zamegljen vid so razmeroma pogosti, vendar običajno trajajo le prvih nekaj dni po jemanju zdravila.
Medtem ko se trazodon uporablja za zdravljenje stanj, kot je depresija, je včasih res nasprotno. Psihološke motnje se lahko pojavijo kot možni stranski učinki trazodona, zlasti če to zdravilo uporabljajo mladostniki ali mlajši odrasli. Vsako osebnostno spremembo, zlasti agresijo ali samomorilno vedenje, je treba nemudoma obvestiti zdravnika. V večini primerov bo bolniku predpisana druga vrsta zdravil.
Zasoplost ali otekanje okončin lahko kažeta na prisotnost resnih zapletov in ju mora oceniti zdravnik. Med jemanjem tega zdravila se lahko včasih pojavijo poškodbe srca, jeter ali ledvic. Zaradi možnih tveganj mnogi zdravniki naročijo redne preiskave krvi, da se prepričajo, ali vsi organi delujejo, kot bi morali.
Anafilaksija je vrsta hude alergijske reakcije in se lahko pojavi pri jemanju katerega koli zdravila. Nekateri pogostejši simptomi vključujejo srbenje; koprivnica; in otekanje obraza, jezika ali grla. Dihanje lahko postane oteženo ali nemogoče, smrt pa lahko nastopi v nekaj minutah, če se ne zdravi. Simptomi anafilaksije je treba vedno obravnavati kot nujno medicinsko pomoč in skoraj vedno je potrebna hospitalizacija za to stanje. Vsaka oseba, ki je kdaj doživela anafilaksijo, mora običajno nositi posebno zdravilo za injiciranje, če se simptomi ponovijo.