Neželeni učinki sirotkinih beljakovin se na splošno štejejo za minimalne, čeprav nekateri obstajajo. Številne spojine, ki jih najdemo v beljakovinah sirotke, so pogoste v večini diet, čeprav lahko visoka raven beljakovin pri nekaterih ljudeh povzroči prebavne težave, slabost, težave z ledvicami in druge bolezni. Poleg tega so lahko prisotne alergijske reakcije pri tistih, ki ne prenašajo laktoze. Ljudje, ki jemljejo določena zdravila in antibiotike, so lahko tudi opozorjeni glede jemanja sirotkinih beljakovin.
Večino časa stranski učinki sirotkinih beljakovin niso specifični za sam izdelek. Namesto tega takšni učinki kažejo na količino beljakovin, kalcija, ogljikovih hidratov, laktoze ali drugih spojin in hranil, ki jih najdemo v izdelku. Z drugimi besedami, večina sestavin, ki povzročajo stranske učinke ali interakcije, najdemo v povprečnih dietah.
Kot že ime pove, izdelek vsebuje visoko raven beljakovin. Presežek beljakovin lahko povzroči prevelik pritisk na ledvice. Prav tako izčrpava telo nekaterih vitaminov in mineralov. Iz tega razloga tisti, ki se držijo diete z visoko vsebnostjo beljakovin, pogosto jemljejo multivitaminske dodatke. Prehrana z visoko vsebnostjo beljakovin, kot jo izvajajo tisti, ki redno uživajo sirotkine beljakovine, lahko tudi zviša kislost krvi, ki naj bo čim bližje nevtralni (7.0 na pH lestvici).
Tisti, ki ne vadijo redno, morda nimajo razloga za uživanje sirotkinih beljakovin, zlasti v zahodni kulturi, kjer so velike količine beljakovin običajne v povprečni prehrani. Neželenim učinkom sirotkinih beljakovin se je mogoče izogniti, če izdelek jemljete le, ko poskušate zgraditi mišično maso ali izgubiti težo. Katera koli od teh koristi bo požena le, če jo spremljata vadba in na splošno zdrava prehrana.
Nekateri stranski učinki sirotkinih beljakovin izhajajo iz količine laktoze v izdelku, ki je običajno blizu 5 ali 6 odstotkov. Kot že ime pove, beljakovine sirotke izvirajo iz spojine v mleku, imenovane sirotka, ki je ločena od skute, ki se uporablja pri izdelavi sira. Primarni sladkor, ki ga najdemo v mleku in sirotki, je laktoza, na katero mnogi ljudje ne prenašajo. Intoleranca na laktozo lahko povzroči prebavne težave in težave. Izolat sirotkinih beljakovin, ki vsebuje manj kot en odstotek laktoznega sladkorja, je na voljo tistim, ki trpijo za laktozno intoleranco.
Nepravilno odmerjanje lahko povzroči tudi nekatere stranske učinke sirotkinih beljakovin. Izdelek na splošno velja za varnega in koristnega, če ga jemljete v ustreznih količinah. Preveč pa lahko povzroči slabost, povečano gibanje črevesja, utrujenost in izgubo apetita.
Obstaja nekaj interakcij med beljakovinami sirotke in nekaterimi zdravili na recept ali antibiotiki. Tisti, ki na primer jemljejo tetracikline, bodo morda želeli biti previdni, saj lahko visoka vsebnost kalcija v sirotkinih beljakovinah zavira absorpcijo tetraciklinov v želodcu. To težavo je mogoče rešiti z izogibanjem uživanju sirotkinih beljakovin in tetraciklinov v štirih urah drug od drugega. Zdravnik bo verjetno zagotovil takšne informacije, številne blagovne znamke pa bodo ob svojih izdelkih zagotovile izčrpne indikacije, opozorila in informacije o hranilni vrednosti.