Večina ljudi lahko jedo papajo brez težav, čeprav obstaja nekaj možnih stranskih učinkov, povezanih z uživanjem ali uporabo tega sadja. Nekateri možni neželeni učinki papaje vključujejo draženje kože, težave z dihali ali prebavne motnje. Tistim, ki so alergični na izdelke, ki vsebujejo lateks, običajno svetujemo, naj se izogibajo uporabi papaje, prav tako nosečnicam in doječim ženskam. Eden najhujših stranskih učinkov uživanja papaje je potencialno življenjsko nevarna vrsta alergijske reakcije, znana kot anafilaksa. O vseh posebnih vprašanjih ali pomislekih glede neželenih učinkov v posamezni situaciji se je treba pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Draženje kože je med najpogosteje prijavljenimi stranskimi učinki papaje. Zaradi neposrednega stika s papajo ali izdelki, ki vsebujejo to sadje, se lahko pojavi srbenje, oteklina in razvoj izpuščaja, ki spominja na ekcem. Po zaužitju papaje se lahko pojavi tudi svetlo rdeč izpuščaj okoli ust.
Težave z dihali se lahko razvijejo kot stranski učinki papaje pri tistih, ki so občutljivi na dele tega sadja. Simptomi nosne alergije, kot so solzenje oči, kihanje in kašljanje, so med najpogostejšimi simptomi dihal. Bolniki z anamnezo astme ali bronhitisa lahko opazijo poslabšanje simptomov po stiku s papajo.
Možni stranski učinki uživanja papaje so zmerne do hude prebavne motnje. Ti simptomi lahko vključujejo slabost, drisko ali zgago. V hujših primerih lahko pride do poškodbe požiralnika, želodca ali črevesja pri tistih, ki so zelo občutljivi na sadje, kot je papaja.
Oseba, ki ima alergijo na lateks, je verjetno alergična tudi na papajo in drugo sadje. Nadzorni zdravnik običajno zagotovi seznam sadja, ki se mu je treba izogibati, ko je diagnosticirana alergija na lateks. Nosečim ali doječim ženskam običajno svetujemo, naj se izogibajo izdelkom, ki vsebujejo papajo, da bi zmanjšali tveganje za nerojenega otroka ali dojenčka.
Morda je najhujša od vseh možnih stranskih učinkov papaje alergijska reakcija, znana kot anafilaksa. Simptomi, kot so bolečine v prsnem košu, težko dihanje ali otekanje obraza, pogosto kažejo na prisotnost te vrste alergije. Brez takojšnje zdravniške pomoči lahko anafilaksa povzroči trajno poškodbo možganov ali celo smrt v nekaj minutah. To se običajno pojavi zaradi močnega otekanja grla, ki preprečuje dostop kisika do možganov in drugih telesnih organov.