Medtem ko se multivitamini na splošno štejejo za pozitiven dodatek k vsakodnevni rutini, se lahko pojavijo nekateri neželeni učinki. Najpogostejši neželeni učinki multivitaminov običajno vključujejo slabost, zaprtje in drisko. Nekateri ljudje lahko doživijo tudi alergijsko reakcijo, za katero so običajno značilne težave z dihanjem, koprivnica, srbenje in otekanje obraza, ustnic ali jezika. Nekateri minerali, ki jih vsebujejo multivitamini, imajo lahko celo hujše stranske učinke, vključno z žolčnimi kamni, zamašitvijo srca, ledvičnimi kamni in odpovedjo organov, če naštejemo le nekatere.
Nekateri pogosti neželeni učinki multivitaminov so začasni in bi morali pravočasno izginiti, ko se telo prilagodi vitaminu. Nekateri ljudje na primer občutijo slabost, zaprtje ali drisko, ko prvič vzamejo multivitamine. Nekateri vitamini vsebujejo minerale, ki povzročajo neželene učinke, ki so moteči, vendar niso nujno škodljivi. En primer je, da multivitamini, ki vsebujejo železo, ponavadi povzročijo razbarvanje blata. Ti neželeni učinki multivitaminov običajno ne zahtevajo od uporabnikov, da prenehajo uporabljati, razen če ne izginejo nekaj časa po tem, ko so jih dodali v vsakodnevno rutino.
Obstajajo resnejši stranski učinki multivitaminov, ki se ne štejejo za normalne in jih je treba takoj obvestiti zdravnika po prenehanju uporabe vitaminov. Večina jih je povezanih z nenamernim prevelikim odmerjanjem vitamina, kar je lahko precej pogosto, saj mnogi ljudje bodisi ne poznajo pravilnega odmerka ali domnevajo, da ni preveč vitaminov. Na primer, prekomerna uporaba kalcija lahko povzroči žolčne kamne, ledvične kamne in težave s srcem, v povezavi s tipičnimi stranskimi učinki multivitaminov, kot sta zaprtje in slabost. Presežek kalija lahko povzroči blokado v srcu in to je le nekaj mineralov, ki pogosto povzročijo zdravstvene težave, če jih zaužijemo preveč naenkrat.
Nekateri ljudje bodo morda ugotovili, da so alergični na določene minerale, ki jih vsebuje njihov multivitamin. To morda ni očitno, dokler se ne pojavijo določeni simptomi, kot so težave z dihanjem ali stiskanje v prsih. Čeprav so ti zaskrbljujoči stranski učinki multivitaminov precej resni, se lahko pojavijo tudi nekatere manj očitne reakcije. Koprivnica, srbenje in kožni izpuščaj so znaki alergije na multivitamine, kot tudi otekanje ust, jezika in ustnic. Na žalost je pri jemanju multivitamina morda težko ugotoviti, kateri mineral povzroča alergijo, saj večina dodatkov vključuje kar nekaj.