Obstajajo številni znani in potencialni stranski učinki mlečnega badlja, ki jih je treba upoštevati, preden vzamete to zelišče, vključno z nekaterimi izoliranimi stranskimi učinki in nekaj možnimi negativnimi interakcijami z zdravili. Nekateri znani neželeni učinki vključujejo slabost, drisko, prebavne motnje in izguba apetita. Badelj je rastlina iz družine marjetic in je dobila ime tako po belih lisah, ki se pojavijo na listih, kot po belem soku, ki ga vsebuje rastlina. Liste pogosto uživamo v solatah kot nadomestek za solato ali špinačo, semena pa lahko zmeljemo in uporabimo v pijačah namesto kavnih zrn. Obstajajo tudi izvlečki mlečnega badlja, ki se lahko uporabljajo kot prehranska dopolnila, običajno namenjena boju proti ali preprečevanju poškodb jeter.
Medtem ko lahko badelj povzroči številne neprijetne težave s črevesjem in prebavo, ga lahko uporabljamo tudi kot naravno odvajalo. Badelj je verjetno varen za večino zdravih odraslih, če pa se pojavijo kakršni koli neželeni učinki, ga mora oseba takoj prenehati jemati in se pred nadaljnjo uporabo posvetovati z zdravnikom. Malo je raziskav o možnih stranskih učinkih pri nosečnicah ali doječih ženskah, zato se jim je treba v takih časih verjetno izogibati.
Badelj lahko povzroči tudi alergijsko reakcijo pri ljudeh, ki so alergični na rastline iz družine Asteraceae/Compositae, vključno z ambrozijo, krizantemami in marjeticami. Vsi, ki so alergični na te rastline, naj se izogibajo uživanju mlečnega badlja, ne da bi se prej posvetovali z zdravnikom.
Drugi neželeni učinki mlečnega badlja so lahko posledica izvlečkov rastline, ki pri nekaterih ljudeh delujejo kot estrogen. Vsakdo, ki ima stanje, ki bi se lahko poslabšalo zaradi učinkov povečanega estrogena, kot so nekatere vrste raka, bi se moral izogibati tovrstnim izvlečkom. Vendar pa ni bilo ugotovljeno, da bi izvlečki, narejeni iz semen badelja, imeli te učinke. Pokazalo se je tudi, da rastlina zmanjšuje učinkovitost zdravljenja s hormoni estrogena, saj se zdi, da telesu pomaga hitreje razgraditi estrogenske dodatke, zato lahko jemanje obeh zmanjša količino estrogena, ki se dejansko pridobi z zdravljenjem.
Znani neželeni učinki mlečnega badlja vključujejo možnost interakcije z zdravili, ki se uporabljajo za zniževanje holesterola. Rastlina lahko vpliva na to, kako dolgo zdravilo ostane v telesu osebe, kar lahko poveča ali zmanjša njegovo učinkovitost. Vsakdo, ki jemlje zdravila za zniževanje holesterola, se mora pred jemanjem mlečnega badlja posvetovati z zdravstvenim delavcem.
Čeprav se badelj uporablja za pomoč ljudem, ki imajo jetra, ki so bila poškodovana zaradi izpostavljenosti strupenim kemikalijam, ga ne smemo jemati z zdravili, ki jih jetra razgradijo v telesu. Raziskave so pokazale, da lahko pegasti badelj upočasni razgradnjo teh zdravil in tako podaljša njihovo učinkovitost v telesu. To lahko privede do nenamernega prevelikega odmerjanja ali podaljša časovno obdobje, v katerem se lahko pojavijo negativne interakcije med zdravili.