Najpogostejši neželeni učinki mikrodermoabrazije so lahko blago draženje kože, povečanje aken in nekaj obarvanja kože. Ljudje z občutljivo kožo so običajno bolj nagnjeni k stranskim učinkom mikrodermoabrazije kot ljudje, ki nimajo občutljive kože. Zdi se, da je stranski učinek razbarvanja kože tudi bolj izrazit pri ljudeh, ki imajo po naravi temnejšo kožo. Ljudje, ki imajo mikrodermoabrazijo za pomoč pri simptomih aken in brazgotinah po aknah, imajo lahko nekaj tednov po posegu tudi več izbruhov kot običajno. Večina stranskih učinkov mikrodermoabrazije je začasnih in se razbremenijo, ko se koža zaceli.
Verjetno je zelo malo ljudi, ki po mikrodermoabraziji ne občutijo draženja kože. Pri mikrodermoabraziji se odstrani celoten zgornji sloj kože. To običajno povzroči draženje kože, ki bi bilo mnogim ljudem podobno sončnim opeklinam. Rdečica, srbenje in luščenje ali luščenje kože so stranski učinki mikrodermoabrazije, o katerih pogosto poročajo ljudje, ki so pravkar opravili postopek. Ko se koža zaceli, ti neželeni učinki običajno izginejo.
Mnogi ljudje imajo za pomoč pri aknah mikrodermoabrazijo. Zaradi tega je lahko za te ljudi presenečenje, če se akne poslabšajo takoj po postopku mikrodermoabrazije. Čeprav lahko mikrodermoabrazija pogosto močno pomaga tako pri aknah kot pri brazgotinah po aknah, se akne poslabšajo takoj po posegu zaradi poškodbe kože in ker mikrodermoabrazija pomaga odmašiti pore. Ko se pore zaradi mikrodermoabrazije odmašijo, se bakterije običajno sprostijo iz por in te bakterije se lahko zadržujejo na površini kože, kar začasno poveča verjetnost nastanka madežev iz aken. Večina ljudi poroča, da ta stranski učinek mikrodermoabrazije izgine v nekaj tednih po zaključku postopka.
Razbarvanje kože je lahko najbolj problematična od vseh stranskih učinkov mikrodermoabrazije. Ljudje s svetlejšo poltjo se običajno ne soočajo s tem problemom v veliki meri, ljudje s temnejšo kožo pa se pogosto pojavijo. Po mikrodermoabraziji lahko oseba s temno kožo opazi, da ima nekaj svetlih lis, kjer jih prej ni bilo. Ta sprememba barve pogosto ni trajna, vendar lahko traja precej dolgo, preden se ten kože povrne v normalno stanje. Mnogi ljudje se lahko spopadejo s tem stranskim učinkom tako, da na kožo nanesejo podlago, da ji dajo enakomernejšo barvo.