Nekateri najpogostejši stranski učinki koreninskega kanala vključujejo bolečino ali nelagodje, ustavljeno rast zob in morebitno razbarvanje in oslabitev zoba. Čeprav nekateri od teh neželenih učinkov zahtevajo dodatno zobozdravstveno delo, so običajno neškodljivi in redko kažejo na težave s koreninskimi kanali. Drugi neželeni učinki pa lahko pomenijo, da je prišlo do zapletov koreninskega kanala. Ti neželeni učinki vključujejo hude bolečine, okužbe in razpokan zob. Zobozdravnik lahko te zaplete obrne ali pa bo pacient morda potreboval operacijo, da bi rešil zob.
Verjetno najpogostejši stranski učinek koreninskega kanala je blago do zmerno nelagodje ali bolečina, ki ju lahko pacient občuti med in po posegu. Mnogi bolniki opisujejo bolečino, ki jo občutijo pri pridobivanju koreninskega kanala, kot podobno bolečini, ki je običajna pri običajnem polnjenju zob. Ker bolniki običajno občutijo določeno količino vnetja tkiva po pridobivanju koreninskega kanala, bodo mnogi še naprej doživljali to bolečino nekaj dni po koreninskem kanalu. To še posebej velja, če so že pred posegom imeli bolečino ali okužbo. Zobozdravniki običajno priporočajo obvladovanje bolečine z zdravili proti bolečinam brez recepta, dokler ne izzveni.
Dodatni pogosti in nenevarni stranski učinki koreninskega kanala lahko vključujejo odrevenelost ust in obraza ali mravljinčenje. To je posledica anestetika, ki se uporablja za preprečevanje, da bi pacient občutil bolečino med posegom, in bo izginil nekaj ur po odhodu iz zobozdravstvene ordinacije. Če je bolnik otrok, vendar je zob stalen, lahko zob za vedno preneha rasti. Nekateri bolniki zaradi bakterij, ki so bile prej v okuženem zobu in pulpi, razvijejo majhne ranice ali mehurčke na dlesni v bližini zoba, vendar bi te morale izginiti po nekaj dneh. Pacienti lahko pričakujejo tudi določeno stopnjo razbarvanja in šibkosti zob, čeprav se ti stranski učinki koreninskega kanala morda ne bodo pokazali več let po posegu.
Obstajajo resnejši neželeni učinki, ki lahko kažejo na zaplete koreninskih kanalov. Ti vključujejo hudo bolečino, ki se ne odziva na zdravila proti bolečinam brez recepta ali izgine v nekaj dneh, razpoko v zobu ali kakršno koli drugo vrsto bolečega ali “izključenega” občutka, ki bi ga pacient morda imel v zvezi z zobom, ki ne gre stran. Vsak bolnik, ki doživi tovrstne neželene učinke, bi moral čim prej obiskati svojega zobozdravnika, ker so lahko simptomi določenih težav s koreninskim kanalom, kot je okužba koreninskega kanala. Nekatere težave s koreninskimi kanali je mogoče odpraviti in zob rešiti z drugim koreninskim kanalom ali z endodontsko operacijo. Če so težave dovolj resne, bo zobozdravnik morda moral odstraniti zob.
Če pacient pravilno skrbi za svoj zob, lahko le-ta traja do konca življenja. Kljub temu nekateri stranski učinki koreninskih kanalov, kot sta oslabitev in razbarvanje zob, zahtevajo, da zobozdravnik in pacient razmišljata o prihodnjem zobozdravstvenem delu. Na primer, uporaba trajne plombe na zob lahko pomaga, da ostane varen za dolgo časa. Namestitev krone na zob lahko pomaga, da zob ostane še dlje, morda za vedno, pa tudi skrije razbarvanje. Odvisno od situacije so to premisleki, o katerih se lahko pacient in zobozdravnik takoj pogovorita ali pa jih prihranita za kasnejši datum.