Klorokin je zdravilo na recept, namenjeno preprečevanju okužbe z malarijo in zdravljenju obstoječih primerov. Izkazalo se je za zelo učinkovito kot antimalarično zdravilo, vendar je tveganje za neželene učinke v primerjavi s podobnimi zdravili relativno veliko. Bolnik lahko v nekaj urah po začetku jemanja zdravila doživi neželene učinke klorokina, kot so slabost, krči in bruhanje. Hudi neželeni učinki, ki lahko vključujejo izgubo vida, zoženje dihalnih poti in omedlevico, so manj pogosti, vendar lahko postanejo smrtno nevarni brez takojšnje zdravstvene oskrbe.
Zdravniki niso povsem prepričani, kako klorokin deluje v telesu, zaradi česar je težko napovedati verjetnost in vrsto neželenih učinkov, ki se lahko pojavijo. Najpogostejši neželeni učinki klorokina, o katerih poročajo bolniki, ki jemljejo zdravilo za preprečevanje malarije, vključujejo želodčne motnje, trebušne krče, drisko, slabost in bruhanje. Nekateri ljudje imajo glavobole, omotico in težave s spanjem. Lahko se razvijejo tudi rahlo srbeči kožni izpuščaji, ki spominjajo na luskavico.
Ko se klorokin jemlje za zdravljenje aktivne okužbe z malarijo, lahko bolnik doživi neželene učinke na prebavilih. Poleg tega so spremembe vida dokaj pogosti stranski učinki klorokina, če se uporablja kot aktivno sredstvo za zdravljenje. Oseba ima lahko postopno zatemnitev vida ali vidi spontane utripe svetlo rumene in rdeče. Oči lahko postanejo zelo občutljive na sončno svetlobo in imajo težave z osredotočanjem na bližnje predmete. Redko pride do popolne izgube vida, ki je lahko reverzibilna ali pa tudi ne. Težave z vidom lahko spremljajo izguba sluha, vrtoglavica in obrazni krči.
Alergijske reakcije na klorokin so redke, vendar so zapleti lahko resni. V nekaj urah in včasih minutah po zaužitju odmerka lahko alergik doživi razširjen kožni izpuščaj, ki povzroči izbruh boleče, pekoče in srbeče koprivnice. Dihalne poti se lahko zožijo do te mere, da postaneta dihanje in požiranje zelo težko. Če so možgani prizadeti, se lahko pojavijo zmedenost, mišični krči in napadi.
Bolnik, ki ima blage neželene učinke klorokina, mora nadaljevati z jemanjem zdravila po navodilih in se dogovoriti za sestanek s svojim zdravnikom. Zdravnik lahko opravi vrsto krvnih in slikovnih preiskav, da preveri morebitne poškodbe ledvic ali jeter, nato pa razmisli o možnostih zdravljenja. V večini primerov lahko bolnik preprosto preneha jemati zdravilo in začne jemati podobna zdravila proti malariji, da odpravi neprijetne stranske učinke klorokina. V primeru prevelikega odmerjanja, alergijske reakcije ali hudih sprememb vida je treba poiskati nujno pomoč, da lahko zdravniki zagotovijo intravenske tekočine in protivnetna zdravila. Za pomoč pri čiščenju telesa klorokina se lahko dajejo diuretiki, kot je amonijev klorid.