Večina stranskih učinkov klaritromicina je razmeroma blagih in ne predstavljajo pomembnega zdravstvenega tveganja, čeprav se lahko pri uporabi tega antibiotika pojavijo resni ali potencialno smrtni zapleti. Nekateri najpogostejši stranski učinki klaritromicina vključujejo gastrointestinalne motnje, glavobole in nenormalen okus v ustih. Dodatni simptomi lahko vključujejo omotico, zvonjenje v ušesih ter razbarvanje zob in jezika. Resni neželeni učinki, ki jih je treba nemudoma obvestiti zdravnika, vključujejo hude bolečine v trebuhu, bolečine v prsnem košu in težko dihanje. Možni so tudi drugi neželeni učinki klaritromicina, zato mora vse nove ali moteče simptome, ki se pojavijo po začetku zdravljenja s tem zdravilom, oceniti zdravnik, da se prepriča, da ni resnih nevarnosti za zdravje.
Prebavne težave, kot so slabost, bruhanje in driska, so med najpogostejšimi neželenimi učinki klaritromicina. Ti simptomi so običajno blagi in jih je mogoče zmanjšati z jemanjem antibiotika s hrano ali mlekom. V nekaterih primerih se lahko predpišejo dodatna zdravila za preprečevanje slabosti, še posebej, če se zaradi tega močno zmanjša apetit. Hude bolečine v trebuhu ali pojav krvi v blatu ali bruhanju lahko pomenijo poškodbe prebavnega trakta in jih je treba obravnavati kot nujno medicinsko pomoč.
Glavoboli, omotica in nenormalen okus v ustih so pogosti neželeni učinki klaritromicina. Večina glavobolov je sorazmerno manjših in jih je mogoče uspešno zdraviti z zdravili proti bolečinam brez recepta, čeprav bi moral nenaden ali hud glavobol oceniti zdravnik. Če se med jemanjem tega zdravila pojavi omotica, je potrebna previdnost pri vožnji ali opravljanju dejavnosti, ki zahtevajo ravnotežje ali koordinacijo. Čeprav se neprijeten okus v ustih pojavlja pogosto, običajno ne predstavlja zdravstvenih težav in ponavadi izgine po prenehanju jemanja antibiotika.
Zaradi tega zdravila se lahko pojavi zvonjenje v ušesih in razbarvanje zob ali jezika. Z rutinskim čiščenjem zob se običajno lahko povrne njihova normalna barva. Ob jemanju klaritromicina se včasih razvijejo alergijske reakcije, ki se lahko pojavijo tudi, če je bilo zdravilo v preteklosti uspešno uporabljeno. Bolečine v prsnem košu, oteženo dihanje in otekanje grla ali jezika so pogosti simptomi potencialno smrtne vrste alergijske reakcije, znane kot anafilaksija. Če so prisotni simptomi alergijske reakcije, mora negovalec poklicati reševalno službo za pomoč pri prevozu bolnika v najbližjo bolnišnico, da se lahko čim prej začnejo ustrezni ukrepi za vzdrževanje življenja.