Neželeni učinki glukozaminskega hondroitina so razmeroma redki in so običajno blagi, ko se pojavijo, čeprav je treba vse negativne simptome, ki se pojavijo po jemanju tega zdravila, obvestiti zdravnika za nadaljnjo zdravniško oceno. Nekateri najpogosteje poročani neželeni učinki glukozaminskega hondroitina vključujejo gastrointestinalne motnje, omotico in glavobole. Pri bolnikih s sladkorno boleznijo se lahko pri uporabi tega dodatka zviša raven sladkorja v krvi. Nekateri resnejši možni neželeni učinki vključujejo palpitacije srca, otekanje ali dihalno stisko. O morebitnih neželenih učinkih glukozaminskega hondroitina v posamezni situaciji se je treba posvetovati z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Motnje v prebavilih so med najpogosteje prijavljenimi stranskimi učinki glukozaminskega hondroitina. Pojavi se lahko blaga do zmerna slabost, z ali brez bruhanja. Jemanje tega zdravila s hrano ali mlekom lahko pomaga zmanjšati resnost tega simptoma. Nekateri ljudje, ki jemljejo to prehransko dopolnilo, lahko doživijo drisko, zaprtje ali izmenične napade obojega. Tisti, ki jemljejo to zdravilo, so poročali tudi o zgagi, napihnjenosti in povečanem vetru.
Glavobol, omotica in zaspanost so možni neželeni učinki glukozaminskega hondroitina. Visoka raven sladkorja v krvi, znana kot hiperglikemija, se lahko včasih pojavi pri bolnikih s sladkorno boleznijo. Tisti z boleznimi dihal, kot je astma, lahko opazijo povečanje simptomov pri jemanju tega zdravila. Čeprav je večina teh neželenih učinkov običajno blagih, se je treba o morebitnih vztrajnih ali motečih simptomih posvetovati z zdravnikom.
Resnejši neželeni učinki glukozaminskega hondroitina, ki jih je treba nemudoma obvestiti zdravnika, vključujejo bolečine v prsih, težave z dihanjem ali znatno izpadanje las. Takoj je treba poročati tudi o otekanju rok in nog, saj je to lahko znak zmanjšanega delovanja ledvic. Otekanje obraza, zlasti če ga spremljajo težave z dihanjem ali oteženo požiranje, lahko kaže na prisotnost potencialno smrtno nevarne alergijske reakcije, znane kot anafilaksija. Bolečine v trebuhu, ki posnemajo refluks kisline, je treba oceniti, da se prepričamo, da niso prisotni resni prebavni zapleti.
Nekateri ljudje morda ne bodo mogli varno uporabljati dodatkov glukozamina in hondroitina. Če se ti bolniki odločijo za uporabo tega dodatka, se priporoča skrben zdravniški nadzor. Tisti, ki jemljejo zdravila, kot so zdravila za redčenje krvi, ali imajo v preteklosti motnje strjevanja krvi, morajo biti pri uporabi tega dodatka izredno previdni. Bolniki, ki so alergični na školjke, se morajo izogibati uporabi tega izdelka, saj je običajno narejen iz školjk teh morskih bitij. Nosečnicam in doječim ženskam običajno svetujemo, da se izogibajo temu zdravilu.