Večina ljudi dobro prenaša injekcije proti alergijam, vendar obstaja nekaj pogostih neželenih učinkov, ki jih oseba lahko doživi. Med najpogostejšimi stranskimi učinki injekcij proti alergijam so rdečina in oteklina na mestu injiciranja ter nelagodje ali modrice na tem območju. Nekateri ljudje lahko doživijo tudi nelokalne neželene učinke, kot sta kašelj in kihanje. Pipeče in srbeče oči se lahko pojavijo tudi po cepljenju proti alergiji. Veliko redkeje bi lahko posameznik utrpel hud in življenjsko nevaren alergijski odziv.
Eden najpogostejših stranskih učinkov injekcij proti alergijam je draženje, ki se pojavi na mestu injiciranja. To se zgodi, ker snov, na katero je oseba alergična, vstopi v telo na tej točki in lahko povzroči alergijsko reakcijo na mestu injiciranja. Nekatere vrste reakcij, ki jih lahko oseba doživi na mestu injiciranja, vključujejo pordelost kože, oteklino in srbenje. Nekateri ljudje lahko na tem območju razvijejo tudi manjši izpuščaj ali izboklino. Zanimivo je, da veliko ljudi razvije takšno draženje le nekaj minut po cepljenju proti alergiji, medtem ko drugi opazijo reakcijo šele po nekaj urah.
Nelagodje v času injiciranja se lahko šteje tudi za stranski učinek injekcije proti alergiji. Ta vrsta neželenih učinkov je običajno le majhna, saj večina ljudi ob tovrstnih injekcijah občuti le majhen ščip, zbadanje ali pekoč občutek. Vendar pa ti posnetki na splošno povzročajo veliko manj nelagodja kot druge vrste strelov in zdravstveni delavci pogosto poskušajo omrtvičiti območje, da ne bi poškodovali. Na primer, medicinska sestra lahko nežno stisne območje, da ustvari učinek omrtvičenosti, ali na kožo nanese lokalni anestetik.
Nekateri ljudje se lahko pojavijo tudi podplutbe na mestu injiciranja kot odgovor na alergijsko injekcijo. Oseba lahko občasno dobi modrico po cepljenju proti alergiji ali pa ima modrico vsakič. Običajno pa modrice trajajo le zelo kratek čas.
Drugi pogosti neželeni učinki injekcij proti alergijam vključujejo nelokalne alergijske reakcije. Na primer, posameznik lahko doživi kakršno koli alergijsko reakcijo, ki bi jo običajno imel kot odgovor na alergen. Lahko na primer kašlja ali kiha ali srbi oči in grlo. Nekateri ljudje imajo lahko tudi piskanje ali stiskanje v prsih. Pomembno pa je omeniti, da se takšni neželeni učinki pogosteje pojavijo, če se oseba ne drži svojega običajnega urnika injekcij.
V redkih primerih bo oseba razvila alergijsko reakcijo, imenovano anafilaksija, kot odgovor na dajanje alergijske injekcije. To je življenjsko nevarna alergijska reakcija, ki jo pogosto spremljajo stiskanje v prsnem košu in težko dihanje. V takem primeru lahko oseba tudi izgubi zavest. Posameznik, ki razvije to reakcijo, potrebuje takojšnjo zdravniško pomoč.