Neželeni učinki cefaleksina so običajno blagi in ne predstavljajo pomembnega tveganja za zdravje, čeprav je treba vse nove ali moteče simptome, ki se pojavijo po začetku zdravljenja s tem antibiotikom, obvestiti zdravnika za nadaljnjo oceno. Nekateri najpogosteje poročani neželeni učinki cefaleksina vključujejo glavobole, omotico in prebavne motnje. Resnejši neželeni učinki, ki jih je treba takoj obvestiti zdravnika, vključujejo glivične okužbe, krvavo blato in alergijske reakcije. Možni so dodatni neželeni učinki, zato se je treba o vseh posebnih vprašanjih ali pomislekih pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Blagi do zmerni glavobol je med najpogostejšimi neželenimi učinki, o katerih so poročali, zdravila proti bolečinam, ki so na voljo brez recepta, pa pogosto zagotavljajo zadostne rezultate. V nekaterih primerih se lahko predpišejo zdravila proti bolečinam na recept, čeprav je pogosteje, da nadzorni zdravnik poskuša prilagoditi odmerek ali spremeni zdravilo. Razvoj nenadnega ali hudega glavobola je treba oceniti v najbližji zdravstveni ustanovi, da bi izključili resne zaplete, kot sta možganska kap ali anevrizma.
Med zdravljenjem s cefaleksinom se lahko pojavi omotica, zato je potrebna previdnost pri opravljanju nalog, ki zahtevajo osredotočenost ali koncentracijo. Prebavne težave, kot so slabost, bruhanje in driska, se pogosto poročajo kot stranski učinki cefaleksina. Jemanje zdravila s hrano ali mlekom lahko pomaga zmanjšati nekatere od teh simptomov. Bolečine v trebuhu, zvišano telesno temperaturo in kri v blatu je treba nemudoma obvestiti zdravnika, da se prepričate, da ni večjih poškodb prebavil.
Kot možne stranske učinke cefaleksina so poročali o okužbah s kvasovkami. Vaginalne glivične okužbe se lahko prenašajo s spolnim stikom, zato je treba uporabiti zaščito, da se izognemo prizadetosti spolnih partnerjev. Simptomi vaginalne glivične okužbe pogosto vključujejo bolečino med uriniranjem ali spolno aktivnostjo, srbenje in izcedek iz nožnice, ki spominja na skuto. Soor je vrsta glivične okužbe, ki prizadene usta in povzroča simptome, kot so bolečina, bele lise in težave pri požiranju.
Pri jemanju tega antibiotika se lahko pojavijo alergijske reakcije, tudi če so zdravilo v preteklosti dobro prenašali. Koprivnico, srbenje ali otekanje rok ali nog je treba obvestiti zdravnika, antihistaminik brez recepta pa lahko pomaga zmanjšati resnost teh simptomov. Potencialno smrtna vrsta alergijske reakcije, znane kot anafilaksija, zahteva nujno medicinsko oskrbo. Anafilaktični simptomi lahko vključujejo omotico, otekanje obraza in težave z dihanjem. O vseh domnevnih neželenih učinkih cefaleksina se je treba posvetovati z zdravnikom, da se lahko razvije individualen načrt zdravljenja.