Najpogostejši neželeni učinki botoksa so zaspanost, mišična oslabelost in težave pri požiranju. Drugi simptomi lahko vključujejo slabost, boleče obrazne mišice in razdražene oči. Navedeno je, da večina ljudi nima stranskih učinkov, tisti, ki pa jih imajo, pa imajo običajno zelo blage reakcije, ki minejo po nekaj tednih. Tistim, ki imajo simptome, ki trajajo več kot nekaj tednov, svetujemo, da takoj obiščejo svojega zdravnika. Simptome je na splošno mogoče zdraviti tudi s pravilnim počitkom in navodili za nego, ki jih daje kirurg ali zdravilišče, ki daje injekcije botoksa.
Zaspanost je eden najpogosteje prijavljenih neželenih učinkov botoksa in lahko traja nekaj dni po zdravljenju. Tako kot pri večini zdravil tudi bolniki ne smejo voziti ali upravljati strojev, če se po botoksu počutijo celo rahlo zaspani. Težko je predvideti, kako hudo se bo pacient odzval na poseg, še posebej, če ga še nikoli ni opravil. Na splošno bo bolnik vsaj dva dni po zdravljenju prejel navodila za močan počitek in okrevanje, da bi se izognili težavam z zaspanostjo. Previdnost za tiste, ki doživljajo slabost po zdravljenju z botoksom, so zelo podobna tistim, ki doživljajo zaspanost, in je celo običajno, da jih bolnik doživi skupaj.
Mišična oslabelost se večinoma pojavlja pri mišicah obraza in vratu ali tistih, ki obkrožajo območje injiciranja. Ta bolečina ali šibkost lahko traja nekaj tednov po injiciranju, vendar bi se morala v tem času zmanjšati. Na splošno je priporočljivo, da se bolnik takoj posvetuje z zdravnikom, če kadar koli izgubi občutek ali nadzor nad temi mišicami.
Mnogi bolniki imajo tudi težave s požiranjem, zlasti v prvih treh do petih dneh po zdravljenju. To je lahko posledica šibkosti, bolečih mišic ali celo zaradi vnetja okoli območja. Te pogoste neželene učinke botoksa lahko spremljajo tudi razdražene oči ali celo suha usta.
Pomembno je, da se bolnik ne samozdravi z zdravili, dokler ne poišče nasveta zdravnika o stranskih učinkih botoksa. Jemanje kakršnih koli zdravil proti oteklini, bolečini ali kakršnim koli drugim neželenim učinkom lahko povzroči neželene učinke pri zdravljenju z botoksom. Zdravnik običajno predpiše zdravila proti bolečinam ali protivnetna zdravila z majhnimi odmerki, ki so običajno varna za uporabo po zdravljenju. Poleg tega je pomembno, da bolnik obvesti tistega, ki daje botox, o vseh znanih boleznih, alergijah ali trenutnih zdravilih, da se izogne morebitnim resnim reakcijam.