Benzoil peroksid se pogosto uporablja za lajšanje aken, vendar mnogi bolniki med zdravljenjem doživijo nekatere neželene učinke. Večina najpogostejših stranskih učinkov benzoil peroksida je lokalnih in prizadene samo kožo obraza. Na primer, normalno je opaziti suho kožo, ki je po uporabi te vrste zdravljenja aken občutljiva in je videti rdeča. Resnejši neželeni učinki vključujejo mehurje in skorje, skupaj z aknami, za katere se zdi, da se po uporabi benzoil peroksida dejansko poslabšajo. Po drugi strani pa lahko tisti, ki so alergični na to zdravilo, opazijo več kot le lokalne stranske učinke, saj lahko celo težko dihajo.
Nekateri neželeni učinki benzoil peroksida se pokažejo šele na začetku zdravljenja in izginejo, ko se koža navadi na zdravilo. Na primer, za kožo je značilno, da je po uporabi tega zdravila občutek suhe in rahlo razdražene. V tem času je lahko tudi občutljiv in rdeč. Žal nekateri opazijo tudi, da se jim koža začne luščiti, ko se počasi navadi na zdravila, vendar bi morali opaziti tudi, da jim akne hkrati postopoma izginjajo. Zaradi pojava teh blagih stranskih učinkov benzoil peroksida zdravnik mnogim bolnikom svetuje, naj zdravilo uporabljajo samo vsak drugi dan, dokler se njihova koža nanj ne navadi.
Obstajajo bolniki, ki opazijo bolj ekstremne stranske učinke, ki jih je težko prezreti. Na koži se lahko pojavijo mehurji ali skorja in ima lahko stalno rdeč odtenek. Ni presenetljivo, da lahko rdeč obraz spremljata občutek toplote in pekoč občutek. Te neželene učinke benzoil peroksida je treba običajno obvestiti zdravnika, še posebej, če se zdi, da se akne niso začele čistiti. Pravzaprav nekateri opazijo, da se njihove akne še poslabšajo, kar lahko kaže, da to ni najboljše zdravilo zanje.
Medtem ko se nekateri neželeni učinki benzoil peroksida štejejo za manjše in celo pričakovani, so drugi znaki alergije, kar pomeni, da morajo nekateri bolniki takoj prenehati jemati zdravilo. Na primer, razvoj koprivnice, rdeč izpuščaj po obrazu ali stalen občutek srbenja običajno ni normalen. To še posebej velja, če te neželene učinke spremljajo občutek stiskanja v prsnem košu, zaradi česar je težko dihati, pa tudi omotica. Takšni neželeni učinki benzoil peroksida običajno kažejo na alergijo in običajno zahtevajo takojšnjo zdravniško pomoč.