Najpogosteje poročani neželeni učinki astaksantina so neškodljive pigmentne spremembe, kot je rahlo oranžna barva kože ali blata. Tudi pri velikih odmerkih niso opazili toksičnih učinkov pri živalih ali ljudeh. Drugi, manj pogosti stranski učinki astaksantina imajo večji učinek, neželeni učinki, kot so nizek krvni tlak in premiki v ravni hormonov, pa imajo lahko resne posledice za zdravje.
Astaksantin se najpogosteje uporablja kot dodatek živalski krmi, rakom, kozicam, jastogom in lososom pa doda pigment, kar jim daje znano rdečkasto oranžno barvo. Kot prehransko dopolnilo za živali je astaksantin na splošno priznan kot varen v skladu z Kodeksom zveznih predpisov Združenih držav Amerike in večina ljudi lahko uživa morsko hrano, hranjeno z astaksantinom, brez kakršne koli reakcije. Leta 1999 je ameriška uprava za hrano in zdravila odstranila astaksantin kot živilsko sestavino za prehrano ljudi.
Astaksantin se kot prehransko dopolnilo najpogosteje uporablja kot antioksidant za zniževanje holesterola. Zagovorniki priporočajo tudi astaksantin za izboljšanje zdravja oči in zdravljenje sindroma karpalnega kanala, artritisa, mišičnih poškodb, gastrointestinalnih težav in moške neplodnosti. Vendar je treba opozoriti, da ni dovolj dokazov, ki bi podprli katero koli od teh trditev, in da ta dodatek nima dokazane koristi za zdravje.
Pogosti neželeni učinki astaksantina vključujejo povečano pigmentacijo, rast las, premike v ravni hormonov in nizek krvni tlak. Opazili so tudi zmanjšano raven kalcija, zmanjšan libido in povečanje prsi pri moških, vendar so ti stranski učinki astaksantina redkejši. Možne so tudi alergijske reakcije, ki so lahko zelo nevarne. Astaksantinu in hrani, ki se hrani z astaksantinom, se morajo izogibati vsi, ki imajo znano alergijo na to snov.
Interakcije z zdravili so še ena resna skrb. Na primer, zdravila za krvni tlak lahko okrepi astaksantin in lahko povzroči nevarno nizek krvni tlak. Učinki dodatka na raven hormonov lahko vplivajo na hormonsko zdravljenje in kontracepcijo. Podobne navzkrižne reakcije so opazili pri nekaterih antihistaminikih, zdravila za astmo pa morda ne reagirajo dobro na astaksantin. Prizadeti so lahko tudi jetrni encimi, ki so odgovorni za odstranjevanje različnih zdravil iz krvi, kar ima za posledico povečane ravni teh zdravil, ki ostanejo v obtoku.
Reakcije so možne tudi z drugimi dodatki in zeliščnimi zdravili. Saw palmetto, črni kohoš ali druga zdravila, ki vplivajo na hormone, se lahko odzovejo nepredvidljivo. Neželene učinke astaksantina, kot so nizek krvni tlak in znižane ravni kalcija, je mogoče okrepiti s snovmi s podobnimi učinki. Uporaba drugih karotenoidnih antioksidantov, kot sta beta karoten in likopen, z astaksantinom bo zmanjšala absorpcijo in ni priporočljiva.