Najpogostejši neželeni učinki orlistata vključujejo črevesni sistem. Orlistat povzroči, da oseba doživi povečano gibanje črevesja in tudi nenadzorovano gibanje črevesja. Drugi pogosti neželeni učinki orlistata vključujejo maščobno ali mastno blato, ohlapno blato in mastne madeže na spodnjem perilu. Poleg tega lahko oseba trpi tudi bolečine v trebuhu in danke. Ti pogosti neželeni učinki so pravzaprav normalne reakcije na orlistat in so znaki, da zdravilo deluje pravilno.
Lahko se pojavijo resni neželeni učinki orlistata, in če se pojavijo, zahtevajo takojšnjo zdravniško pomoč; primeri resnih neželenih učinkov vključujejo hudo alergijsko reakcijo, drisko in izgubo apetita, poleg tega pa še slabost, skrajno utrujenost in bruhanje. Simptomi zaradi alergijske reakcije vključujejo težave z dihanjem, koprivnico in otekanje obraza in grla. Odpoved jeter in pankreatitis sta dve stanji, ki se lahko pojavita kot posledica orlistata. Znaki teh zdravstvenih stanj lahko prekrivajo nekatere neželene učinke orlistata, kot so izguba apetita zaradi odpovedi jeter in slabost ali bruhanje zaradi pankreatitisa. Drugi znaki odpovedi jeter so temen urin, svetlo blato in zlatenica, dodatni znaki pankreatitisa pa pospešen srčni utrip in bolečine v zgornjem delu trebuha.
Orlistat je sam zaviralec lipaze, ki deluje tako, da preprečuje absorpcijo maščob v telesu. Ker telo ne absorbira toliko maščob, kot bi jih običajno, maščoba zapusti telo skozi odpadke, rahlja blato in ga naredi mastno. Zaradi tega je gibanje črevesja manj predvidljivo. Pri nekaterih ljudeh bodo stranski učinki orlistata izginili po nekaj tednih zdravljenja, pri drugih pa se bodo neželeni učinki pojavljali, dokler jemljejo zdravilo. Na splošno velja, da več maščobnih živil vsebuje, več stranskih učinkov se pojavi, zato oseba, ki jemlje orlistat, ne sme uživati preveč mastne hrane.
Namen orlistata je pomagati pri izgubi teže. Orlistat, ki je na voljo v obliki na recept in brez recepta, se uporablja v kombinaciji z nizkokalorično dieto z nizko vsebnostjo maščob, pa tudi z vadbo. Obrazec brez recepta vsebuje nižji odmerek kot obrazec na recept, zato povzroča manj stranskih učinkov. Orlistat brez recepta ni za osebe, mlajše od 18 let, medtem ko orlistat na recept ni za osebe, stare med 12 in 18 let. Zdravnik lahko orlistat predpiše ljudem s prekomerno telesno težo z določenimi boleznimi, kot so sladkorna bolezen, visok krvni tlak in visok holesterol.