Neželeni učinki midazolama so običajno blagi in ne predstavljajo pomembnega tveganja za zdravje, čeprav je treba vse nove ali moteče simptome, ki se pojavijo po začetku zdravljenja s tem zdravilom, obvestiti zdravnika za nadaljnjo oceno. Nekateri najpogosteje poročani neželeni učinki tega pomirjevala vključujejo slabost, zamegljen vid in zaspanost. Resnejši neželeni učinki, ki jih je treba nemudoma obvestiti zdravnika, vključujejo nepravilen srčni utrip, epileptične napade in težave z dihanjem. O posebnih vprašanjih ali pomislekih glede možnih stranskih učinkov se je treba posvetovati z zdravnikom, ki predpisuje zdravilo.
Zaspanost in omotica sta najpogostejša stranska učinka midazolama, ker se to zdravilo uporablja za pomoč pri pomirjanju bolnikov pred nekaterimi medicinskimi posegi ali operacijami. Mnogi, ki prejemajo to zdravilo, poročajo tudi o slabosti in bruhanju, zato se pogosto dajejo dodatna zdravila, da bi zmanjšali resnost teh simptomov. Obilno bruhanje lahko povzroči zaplete, kot so dehidracija ali poškodbe prebavnega trakta. Če se midazolam daje v obliki injekcije, sta možna draženje kože in nelagodje na mestu injiciranja.
Zamegljen vid, suha usta in kašelj so razmeroma pogosti neželeni učinki, ki na splošno izginejo po prenehanju jemanja zdravila. Znižana raven kalija je možna posledica uporabe tega zdravila, zato bo morda potrebno začasno dopolnjevanje. Lahko pride do pomanjkanja koordinacije ali izgube nadzora mišic, še posebej, če se uporablja preveč tega zdravila in se razvije prekomerna sedacija.
Pri uporabi midazolama so poročali o resnih neželenih učinkih midazolama, povezanih s srcem, zato je treba zdravnika, ki ga predpisuje, obvestiti o vseh predhodnih boleznih srca. Nepravilen srčni utrip, nenadne spremembe krvnega tlaka ali bolečine v prsnem košu lahko kažejo na razvoj potencialno življenjsko nevarnih zapletov in jih mora nemudoma oceniti zdravstveni delavec. Med možnimi stranskimi učinki midazolama so tudi napadi, nenadzorovani gibi mišic ali nenadna nezmožnost normalnega govora.
Alergijske reakcije so možne pri jemanju katerega koli zdravila, vključno z midazolamom, tudi če je bilo zdravilo v preteklosti dobro prenašano. Blage reakcije lahko povzročijo izpuščaj, srbenje ali mehurje na koži. Znano je, da hujša vrsta alergijske reakcije, znana kot anafilaksija, povzroči nenadno smrt in zahteva nujno zdravniško pomoč. Pogosti anafilaktični simptomi vključujejo otekanje jezika ali grla, težko dihanje in izguba zavesti. Možni so tudi drugi neželeni učinki, zato je pomembno, da se o morebitnih individualnih pomislekih pogovorite z nadzornim zdravnikom ali zdravstvenim osebjem.