Najpogostejši neželeni učinki sulfametoksazola so blage želodčne motnje, kot sta slabost in driska. Prav tako lahko povzroči povečano občutljivost na sonce, zato morajo bolniki, ki jemljejo to zdravilo, upoštevati previdnostne ukrepe, kadar je izpostavljenost soncu neizogibna. Uporabite klobuk, dolge rokave, dolge hlače in zaščito pred soncem. Pojavijo se lahko tudi resne, redke reakcije.
Sulfametoksazol se običajno kombinira s trimetoprimom. Oba sta antibiotika iz družine sulfanomidov, kar pomeni, da so njuni možni stranski učinki enaki. Ta kombinacija se najpogosteje uporablja za zdravljenje bakterijskih okužb sečil, ki jih povzroča E. coli. Uporablja se lahko tudi za vnetja ušes in druga, kot jih določi zdravstveni delavec. Strokovnjaki menijo, da lahko obe zdravili povzročita prirojene okvare.
Slabost, driska in anoreksija so najpogostejši neželeni učinki sulfametoksazola. Možni so tudi vrtoglavica, glavobol in splošne bolečine v trebuhu. Povišana telesna temperatura ali izpuščaj se lahko pojavita tudi kot manjši neželeni učinki, lahko pa sta tudi znak resnejšega stanja, kot je Stevens-Johnsonov sindrom. Anafilaksa, resna in morda smrtno nevarna alergijska reakcija, je možna s katerim koli zdravilom, še posebej pa z antibiotiki. Otekanje jezika in piskanje sta znak nujne medicinske pomoči. Bolniki, ki so kdaj imeli reakcijo na sulfanomid, ne smejo jemati sulfametoksazola.
Stevens-Johnsonov sindrom je verjetno najhujši stranski učinek sulfametoksazola. Simptomi te motnje vključujejo zvišano telesno temperaturo, srbenje, kožne lezije in rane v ustih. Ker koža odpade od telesa, je treba bolnike s Stevens-Johnsonovim sindromom zdraviti v bolnišnici, včasih v enoti za opekline. Obstaja veliko tveganje za okužbo, saj so velike odprte rane. V nekaterih primerih pride do trajne poškodbe kože, slepote ali poškodbe organov.
Drugi resni neželeni učinki sulfametoksazola vključujejo hepatitis, krvavo drisko, epileptične napade in povečano ščitnico. Bolniki, ki imajo te neželene učinke, morajo nemudoma poiskati zdravniško pomoč. Večino teh neželenih učinkov je mogoče zdraviti in ne povzročajo trajne škode.
Nekateri neželeni učinki sulfametoksazola so povezani z dolgotrajno uporabo zdravila. To zdravilo lahko povzroči zmanjšanje števila trombocitov v krvi, kar vodi do prekomernih podplutb ali krvavitev. Bolniki, ki jemljejo to zdravilo, naj se nemudoma posvetujejo z zdravnikom, če opazijo ta neželeni učinek. To zdravilo lahko povzroči tudi hemolitično anemijo, ki je posledica prezgodnjega uničenja rdečih krvnih celic ali megaloblastno anemijo, ki jo povzročajo povečane rdeče krvne celice. Nekateri bolniki bodo morda morali redno opravljati krvne preiskave za spremljanje ravni trombocitov.