Zdravilo za alergije ciproheptadin ne prinaša velikega tveganja za znane resne neželene učinke. Neželeni učinki ciproheptadina, ki so najpogostejši, pa povzročajo številne zdravstvene težave. Ti segajo od zaspanosti ali nemira do glavobolov in suhega grla, vendar običajno niso resni in so le začasni. Potencialno resni učinki vključujejo alergije, duševne motnje in epileptične napade, vendar se ti pojavijo le redko.
Na splošno se ciproheptadin jemlje peroralno, v obliki tablet ali tekočine. Je antihistaminik, kar pomeni, da zmanjšuje učinek visokih ravni histamina v telesu, ki običajno povzročajo vnetje, pordelost in draženje. Antihistaminiki so na splošno koristni pri zdravstvenih stanjih, ki vključujejo prekomerno aktiven imunski sistem, kot so seneni nahod ali kožni izpuščaji. Čeprav ne morejo pozdraviti alergij, lahko izboljšajo simptome in olajšajo bolnika.
Težave s prebavilom so nekateri najpogostejši stranski učinki ciproheptadina in vključujejo vznemirjen želodec in zaprtje. Bolniki lahko razvijejo tudi večji apetit in se lahko med uporabo zdravila zredijo. Prav tako lahko negativno vpliva na budnost, pri čemer se pri potrošnikih pojavi nenavadna zaspanost, seznam pogostih stranskih učinkov ciproheptadina pa lahko vključuje tudi poslabšanje koordinacije ali mišične moči in omotico. Nenavadni prikazi vznemirjenja ali živčnosti so lahko tudi posledica uporabe zdravila.
Ciproheptadin lahko vpliva tudi na nastajanje sluzi v dihalnih poteh, kar je lahko koristno za ljudi, ki trpijo za gripi podobnimi simptomi kot posledica njihovih alergij, lahko pa je tudi škodljiv, če povzroči neželene učinke. Običajno imajo notranje membrane žrela, ust in nosu zaščitno kakovost vlage in sluzi, vendar je eden od stranskih učinkov ciproheptadina izsušitev teh predelov. Druga možnost je, da ljudje, ki jemljejo ciproheptadin, lahko ugotovijo, da sluz v grlu ali nosu postane gostejša in težje očistiti kot običajno.
Redkejši neželeni učinki zdravila so lahko dovolj resni, da zahtevajo nujno zdravniško pomoč. Sem spadajo alergije, ki povzročajo simptome, kot so otekanje obraza in težave z dihanjem. Učinki na možgane lahko spremenijo način delovanja ali razmišljanja osebe in lahko povzročijo celo zmedo ali halucinacije. Poškodbe jeter lahko povzročijo porumenelost kože in oči; če so ledvice poškodovane zaradi zdravila, lahko oseba doživi temen urin. Bolj možni nevarni stranski učinki so zamegljen vid ali močno bruhanje, ki zahtevajo zdravniški pregled.