Ciprofloksacin se pogosto daje za boj proti bakterijskim okužbam, vendar je pri uporabi tega zdravila mogoče pričakovati nekaj stranskih učinkov. Nekateri najpogostejši učinki vključujejo področje želodca, saj običajno vključujejo slabost, drisko, zgago in bruhanje. Pri nekaterih bolnikih se lahko pojavijo tudi glavoboli, srbenje nožnice in prekomerno uriniranje, čeprav takšni neželeni učinki ciprofloksacina običajno ne zahtevajo takojšnje zdravniške pomoči. Po drugi strani pa je treba zdravniku čim prej omeniti določene negativne znake, kot so izpuščaj, zvišana telesna temperatura, depresija ali gripi podobni simptomi. Nekateri celo zahtevajo nujno zdravljenje, saj so lahko smrtno nevarni, vključno s stiskanjem v grlu, piskanjem in nepravilnim srčnim utripom.
Številni bolniki, ki jemljejo to zdravilo, bodo trpeli zaradi nekaterih neželenih učinkov, dokler se njihovo telo ne navadi nanj, nato pa naj bi simptomi izginili. Težave z želodcem so nekateri najpogostejši neželeni učinki ciprofloksacina, kot so driska, slabost in bruhanje. Pojavijo se lahko tudi zgaga in bolečine v želodcu, spremljajo pa jih lahko glavoboli in nujno uriniranje. Končno lahko ženske opazijo izcedek iz nožnice in srbenje. Čeprav so ti neželeni učinki ciprofloksacina pogosto moteči, se ne štejejo za življenjsko nevarne, zato bolnike, ki jih opazijo, spodbujamo, naj nadaljujejo z jemanjem zdravila, dokler ne morejo o tem omeniti svojega zdravnika ob naslednjem obisku.
Nekateri neželeni učinki ciprofloksacina se ne štejejo za normalne in lahko povzročijo resne težave. Nekateri ljudje na primer opazijo neugodne fizične simptome, ki lahko vključujejo kožni izpuščaj, koprivnico, nenadne modrice in tresenje. Drugi lahko domnevajo, da imajo gripo, saj se lahko pojavijo utrujenost, zvišana telesna temperatura in izguba apetita. Ti bolniki morda ne bi pričakovali spremembe v duševnem stanju, saj lahko to zdravilo povzroči depresijo, tesnobo, zmedenost in paranojo. Ti neželeni učinki ciprofloksacina se lahko štejejo za nevarne, saj lahko povzročijo samomor ali prometne nesreče, čeprav so nespečnost, nočne more in halucinacije pogostejši rezultati.
Medtem ko je treba vse neželene učinke ciprofloksacina obvestiti zdravnika, nekateri zahtevajo nujno zdravljenje. Med jemanjem tega zdravila lahko na primer postane težko dihati, saj lahko grlo oteče. To pogosto povzroči piskanje, občutek stiskanja v grlu in težave pri požiranju. Srčni utrip lahko postane tudi nepravilen, bije hitreje kot običajno, deloma zaradi telesne panike, da ne more enostavno dihati. Pojavijo se lahko tudi napadi in omedlevica, zaradi česar je ključnega pomena čimprejšnja zdravniška pomoč.