Najpogostejši neželeni učinki antibiotikov so gastrointestinalne narave. Mnogi ljudje, ki jemljejo antibiotike, doživijo določeno stopnjo gastrointestinalne stiske, še posebej, če morajo jemati daljši tečaj antibiotikov. Drugi neželeni učinki antibiotikov so redkejši in običajno omejeni na posebne razrede antibiotikov. Priporočljivo je, da pred začetkom zdravljenja z antibiotiki natančno preberete informacije o pacientih, da izveste več o možnih stranskih učinkih, medsebojnem delovanju zdravil in tveganjih.
Antibiotiki so zdravila, ki so učinkovita proti bakterijskim okužbam. Razdeljeni so v številne razrede, ki lahko napadajo različne vrste organizmov. Če zdravnik sumi, da ima bolnik bakterijsko okužbo, se lahko ta zdravila predpišejo za boj proti okužbi in pomoč bolniku pri okrevanju. Lahko se zahteva kultura, da se ugotovi, kateri organizmi so prisotni, da se lahko predpiše najustreznejše zdravilo.
Na žalost antibiotiki ne diskriminirajo in posledično ubijejo veliko koristnih organizmov v telesu. Ljudje, ki jemljejo ta zdravila, lahko doživijo neželene učinke antibiotikov, kot so slabost, driska, bruhanje in želodčni krči, ki so posledica motenj črevesne flore. Ti neželeni učinki antibiotikov se sčasoma poslabšajo. Če postanejo izčrpavajoče, bo morda mogoče zamenjati antibiotike. Nekateri zdravniki lahko priporočajo jemanje probiotičnih dodatkov, da ohranijo ravnotežje organizmov v črevesju.
Drug stranski učinek antibiotika je razvoj glivičnih okužb v ustih ali nožnici. To se zgodi tudi zaradi neravnovesja naravnih bakterij v telesu. Ljudje lahko opazijo močan vonj, neprijeten izcedek ali pojav belih madežev. Če se razvije glivična okužba, lahko zdravnik priporoči zamenjavo zdravil poleg zdravljenja za odpravo okužbe.
Bolj redki neželeni učinki antibiotikov vključujejo občutljivost na sončno svetlobo, krvne motnje, epileptične napade, izgubo sluha in zvišano telesno temperaturo. Dolgotrajna uporaba agresivnih antibiotikov lahko povzroči poškodbe organov, zlasti v ledvicah, jetrih in srcu. To lahko povzroči simptome, kot so aritmije, zlatenica in edem. Če bolniki med jemanjem antibiotikov opazijo znake resnejših stranskih učinkov, se morajo posvetovati z zdravnikom. Nekateri antibiotiki povzročajo tudi alergijske reakcije. Bolniki, pri katerih se pojavijo znaki alergij, kot so izbruhi kože in težave z dihanjem, morajo prenehati jemati zdravilo in nemudoma poklicati zdravnika za nasvet in zdravljenje. Zdravnik lahko predpiše novo zdravilo, na bolnikovem kartonu pa bo zapisano o alergijskem odzivu in vključenem antibiotiku.