Najpogosteje predpisana antibiotika za okužbo zob sta običajno penicilin in cefaleksin; vendar nobena od teh ni primerna za tiste, ki so alergični na penicilin. Ljudje, ki trpijo zaradi takšnih alergij, običajno predpišejo klindamicin. Tetraciklin in doksiciklin se ne štejeta za tako učinkovita kot klindamicin, vendar se včasih predpisujeta tudi tistim, ki so alergični na penicilin. Odmerke antibiotikov se običajno določijo glede na resnost okužbe in splošno zdravje bolnika.
Penicilin je verjetno najpogosteje predpisan antibiotik za zobne okužbe ali abscese. Številne okužbe zob so bakterijske in penicilin velja za še posebej učinkovit pri zdravljenju. Zdravilo deluje tako, da uniči bakterijsko celično steno, kar oteži širjenje in rast bakterij. Nekateri stranski učinki penicilina vključujejo drisko in slabost, medtem ko lahko alergija povzroči izpuščaje, oteženo dihanje in v hudih primerih celo smrt.
Cefaleksin je zdravilo, ki je del skupine antibiotikov, imenovanih cefalosporini, in so v mnogih pogledih podobni penicilinu. Nekateri neželeni učinki cefaleksina vključujejo bruhanje, drisko in glavobol. Poleg tega je cefaleksin povezan z vaginitisom in poškodbami jeter.
Klindamicin deluje tako, da ustavi rast bakterij. Običajno velja za enega učinkovitejših antibiotikov za okužbo zob in je najpogostejša izbira zdravila za tiste, ki so alergični na penicilin. Neželeni učinki klindamicina vključujejo porumenelost kože, bolečine v sklepih ter spremembe pogostosti in barve uriniranja. V redkih primerih lahko povzroči resno, včasih usodno vrsto driske, imenovano driska, povezana s Clostridium difficile. Tega zdravila verjetno ne smejo jemati osebe z boleznijo jeter ali noseče ženske.
V primerih hude okužbe ali abscesa samo zdravljenje z antibiotiki ni vedno učinkovito. V nekaterih primerih lahko zobozdravniki poskušajo tudi izsušiti območje z abscesom, kar se običajno naredi tako, da naredijo majhen rez na okuženem območju, nato pa s sesanjem odstranijo gnoj. V mnogih primerih lahko ta postopek pospeši proces celjenja ter zmanjša bolečino in oteklino.
Okužbe zob lahko včasih prerastejo v življenjsko nevarna stanja. Če se ne zdravi, se okužba v abscesiranem zobu lahko razširi na možgane ali druge vitalne organe. Poleg tega lahko ponavljajoče se okužbe včasih povzročijo trajne poškodbe srca, jeter in drugih organov. Nekatere raziskave kažejo, da lahko ponavljajoči se primeri okužbe zob tudi zavirajo imunski sistem.