Pesto je najboljši, če ga pripravimo sveže in ga nato postrežemo, vendar za kuharje na begu to ni vedno izvedljiva možnost. Obstaja veliko nasvetov za zamrzovanje pesta, od katerih so mnogi v veliki meri odvisni od količine pesta, ki bo zamrznjen. Ker pesta ne smete odmrzniti in nato ponovno zamrzniti, je najbolje, da natančno veste, koliko ga boste potrebovali, ko ga odmrznete, in preprosto zamrznite v količinah, ki so približne tej količini. Ker je pomembno za ohranjanje celovitosti okusa pesta, je najbolje, da pesto zamrznete na način, s katerim se najbolj učinkovito izognete opeklinam v zamrzovalniku.
Obstajajo tisti kuharji, ki raje pripravljajo velike količine omake iz olja, bazilike in pinjol ter nato zamrznejo pesto v pladnjih za ledene kocke. To omogoča enostavno pripravo obroka katere koli velikosti v kratkem času. Zamrzovanje pesta v pladnjih za ledene kocke bo omogočilo hitro odmrzovanje in segrevanje poljubne količine, od nekaj kock do celotnega pladnja. Da se izognete opeklinam v zamrzovalniku, ko pesto zamrzne, zaprite pladenj v vrečko, ki je primerna za zamrzovanje.
Podobno kot pri zamrzovanju pesta v pladnjih za ledene kocke je uporaba pekačev za mafine za zamrzovanje. Ko je odmrznjen, to kuharju zagotovi eno porcijo pesta. Priporočljivo je, da pekač za mafine poškropite s jedilnim oljem, preden vanj položite svež pesto. To bo pripomoglo k lažjemu odstranjevanju iz pločevinke, ko bo prišel čas za odtajanje omake. Ponovno se pri tem pristopu predlaga, da se pločevinka zapre po začetnem zamrzovanju pesta.
Galonske zamrzovalne vrečke ustvarijo optimalno posodo za shranjevanje pesta v velikih količinah. Ko je čas za odmrzovanje pesta, ga lahko preprosto postavite na kuhinjski pult ali v umivalnik v vrečki za zamrzovanje. Zamrznjenemu pestu lahko nato pustite čas, ki je potreben, da naravno doseže sobno temperaturo.
Zamrznjen pesto bo ostal dober približno štiri do šest mesecev. Po tem času ga je najbolje zavreči, saj okus ne bo več optimalen. Če napišete datum, ko je pesto postavljen v zamrzovalnik, bodisi na lepilni trak, ki ga lahko položite na pekač za ledene kocke ali pekač za mafine, ali z neizbrisnim markerjem na vrečko za zamrzovanje, boste zagotovili, da bo pesto uporabljen, preden se pokvari.