Ne glede na to, ali se uporablja za gostovanje spletnega mesta ali shranjevanje informacij, lahko pravilno upravljanje strežnika Linux® pripomore k boljšemu delovanju strežnika. Strežnik Linux® ima pogosto storitve v ozadju, ki morda niso potrebne, in če jih odstranite, lahko sprostite pomnilnik. Linux® seveda nima grafičnega uporabniškega vmesnika (GUI), strežnik pa tega običajno ne potrebuje, zato lahko njegovo zaustavitev izboljša zmogljivost. Strežnik je običajno dom pomembnih podatkov, zato je dosledno varnostno kopiranje običajno del odgovornega upravljanja strežnika Linux®. Skrbnik mora preveriti tudi strežniško analitiko glede ozkih grl in težav pri obdelavi, kar lahko razkrije potrebo po močnejši strojni opremi.
Številni strežniki Linux® imajo veliko delujočih storitev v ozadju, ki so koristne, nekatere pa se ne uporabljajo. Na primer, storitev »Apmd« je običajno uporabna, ker pomaga pri upravljanju energije, »Xfs« pa morda ni uporabna, ker nadzoruje pisave. Zaustavitev nepotrebnih storitev pomeni, da ne potrebujejo več pomnilnika in ta pomnilnik se lahko nato uporabi za pomembne procese.
Sistem Linux® je seveda opremljen z vmesnikom ukazne vrstice, vendar je GUI običajno enostavnejši za uporabo, zato veliko ljudi namesti GUI. Čeprav lahko GUI olajša upravljanje strežnika Linux®, tako da pomaga skrbnikom pri izbiri programov in izvajanju procesov, zavzema tudi pomnilnik. Skrbniki običajno ne potrebujejo GUI, ker je s strežnikom le redko neposredno v interakciji, zato običajno ni vreden dodatnih obveznosti pomnilnika in procesorske moči.
Drug del učinkovitega upravljanja strežnika Linux® vključuje skrbniško izdelavo doslednih varnostnih kopij. Čeprav je strežnik morda dom veliko običajnih datotek, se pogosteje uporabljajo za gostovanje spletnih mest in za shranjevanje pomembnih dokumentov. Če se strežnik Linux® zruši, lahko to pomeni trajno brisanje vseh teh datotek. Dosledne varnostne kopije lahko preprečijo, da bi se to zgodilo, ker bodo datoteke strežnika shranile nekje drugje, tako da se zrušitev nanje ne bo prizadela.
Večina strežnikov je opremljena z analitičnimi programi in lahko pomaga pri upravljanju strežnikov Linux®, če skrbnik pogosto preverja te analitike. To običajno poroča o tem, kako informacije tečejo v in iz strežnika, poleg tega pa bo poudarilo ozka grla. Z razumevanjem, zakaj se v strežniku Linux® pojavlja ozko grlo, ga bo skrbnik morda lahko popravil. Na primer, če se hkrati izvaja veliko težkih programov, je lahko povečanje pomnilnika z naključnim dostopom (RAM) koristno za lajšanje ozkih grl.