Krompir je treba skrbno shranjevati, da se ne pokvari. Na splošno jih je treba hraniti na hladnem, temnem mestu. Pri shranjevanju krompirja moramo paziti tudi na to, da okoli njega prosto kroži zrak in da je suh. Narezan ali olupljen krompir lahko za kratek čas shranimo v hladni vodi, pripravljene krompirjeve jedi pa zamrznemo.
Nepravilno shranjen krompir lahko vzklije, pozeleni ali postane mehak in naguban. Na splošno lahko krompir hranite približno en teden pri sobni temperaturi. Po tem času se bodo pogosto začele slabšati. Shranjeni krompir je treba redno pregledovati in odstraniti vse tiste, ki so se začeli zmehčati ali so se pojavile plesni ali mehke lise.
Hladen prostor je najboljši, če krompir hranite več kot en teden. Topel zrak, nad 50 ° F (10 ° C), lahko povzroči kalitev. Klet s koreninami je običajno idealen kraj za shranjevanje krompirja, vendar bo primerna tudi hladna klet ali garaža. Nekateri jih celo raje hranijo v hladilnikih, a to lahko nekoliko spremeni okus in barvo krompirja.
Prostor, kjer oseba shranjuje krompir, mora biti tudi temen. Ko je krompir izpostavljen svetlobi, zlasti sončni svetlobi, začne proizvajati klorofil. To lahko povzroči svetlo zelene lise na krompirju. Klorofil lahko povzroči grenak okus krompirja, v zelo velikih količinah pa je lahko tudi strupen.
Pri shranjevanju krompirja lahko uporabimo neprozorne posode, če temna lisa ni na voljo. Te posode pa je treba ustrezno prezračevati, da se zagotovi kroženje zraka okoli njih. Posode za krompir ne smejo imeti nepredušnega tesnila, saj lahko ujame vlago. Ta ujeta vlaga lahko povzroči, da krompir postane mehak in naguban, kar lahko spodbudi rast plesni. Krompirja tudi nikoli ne shranjujte, potem ko ga operete, saj je lahko vlažen. Posamezniki naj počakajo, da je krompir pripravljen za kuhanje, preden ga operejo.
Narezan ali olupljen krompir pogosto hitro porjavi, če ga kmalu ne kuhamo. Da krompirjevo meso ne porjavi, lahko narezan krompir shranimo v posodi s hladno vodo. Vodi lahko dodamo led, da ostane hladna, ali pa posodo shranimo v hladilniku. Hladna voda običajno ohrani krompirjevo meso belo več ur.
Na splošno zamrzovanje krompirja, ki ni kuhan, ni priporočljivo. Kuhan ali blanširan krompir pa običajno zelo dobro zamrzne. Krompirjeve jedi, kot je pire krompir ali ocvrt krompirček, lahko pripravite vnaprej in jih shranite v zamrzovalniku.