Tradicionalni pesto z baziliko vsebuje veliko maščobe iz dodanega olivnega olja, sira in oreščkov. Čeprav so maščobe iz olja in oreščkov nenasičene in se na splošno štejejo za zdrave za srce, bo kuhar morda želel pripraviti zdrav pesto z manj maščobami in manj kalorij, tako da izpusti nekatere ali vse sestavine z visoko vsebnostjo maščob. Kuhar lahko tudi izpusti sir ali nadomesti z manj maščobno različico za bolj zdrav pesto. Če bazilike ni na voljo, jo lahko nadomesti z drugo zelenjavo, na primer z argulo ali ohrovtom.
Običajno se pestu za okus in teksturo dodajo oreščki, kot so pinjole ali orehi. Oreščki dodajo jedi tako maščobo kot nekaj beljakovin. Za pripravo zdravega pesta bo kuhar morda želel zmanjšati količino oreščkov, dodanih v recept. Na primer, če recept zahteva 1/4 skodelice (25 gramov) pinjol, lahko zmanjša količino na 2 žlici (12 gramov). Orehi vsebujejo veliko omega-3 maščobnih kislin, zato jih bo kuhar morda želel uporabiti namesto pinjol.
Da bi še bolj zmanjšali kalorije v zdravem pestu, bo kuhar morda želel zmanjšati količino uporabljenega parmezana ali drugega trdega, močnega sira. Kuhar lahko naredi pesto veganski tako, da parmezan zamenja z mehkim ali svilenim tofujem. Poleg majhne količine parmezana lahko uporabi tudi delno posnet sir ricotta. Ricotta ali tofu bosta omaki dodala tudi beljakovine. Za bolj okusno različico lahko poskusi nadomestiti kozji sir s parmezanom in olivnim oljem.
Olje v številnih receptih za pesto lahko zmanjšate tudi za polovico, da zmanjšate kalorije in maščobe. Da bi nadomestili zmanjšanje olja, bo moral kuhar dodati še eno tekočino. Za redčenje pesta lahko uporabite vodo. Limonin sok bo omaki dodal malo pikantnosti. Če zmanjša količino olivnega olja, mora kuhar uporabiti najboljše olje, ki ga lahko najde, da zagotovi, da njegov okus zasije.
Zdrav pesto ni omejen samo na liste bazilike. Nekateri kuharji baziliko zamenjajo s peteršiljem, še posebej v zimskih mesecih, ko sveže bazilike morda ni na voljo. Druga možnost je uporaba rukole, ki pestu daje poper okus. Za več hranilnih snovi lahko kuhar pestu poleg bazilike doda še pesto ohrovta.