Obstaja več različnih nasvetov in predlogov za odstranjevanje vohunske programske opreme in virusov iz računalnika. Vzdrževanje posodobljenega protivirusnega programa je eden najpomembnejših nasvetov za preprečevanje in odstranjevanje vohunske programske opreme in virusov. Ko je računalnik okužen, je pogosto potrebno odstraniti vohunsko programsko opremo ali virus iz računalnika tako, da zaženete sistem v varnem načinu ali z diska. Čeprav morda ni uporabno za odstranjevanje vohunske programske opreme in virusov iz računalnika, je eden najboljših nasvetov za uporabnike računalnikov, da vadijo previdne navade pri uporabi računalnika, da se skušajo izogniti večini zlonamerne programske opreme.
Odstranjevanje vohunske programske opreme in virusov je lahko eno najtežjih in najneprijetnejših dejanj, ki jih bo moral uporabnik računalnika kdaj izvesti. Ko se kos zlonamerne programske opreme namesti v računalnik, je lahko odstranitev te programske opreme precej težavna in zahteva veliko truda. Računalnik mora imeti nameščen odličen protivirusni program in ta program mora biti posodobljen. Novi virusi in vohunska programska oprema se odkrivajo zaskrbljujoče pogosto; da bi zagotovili ustrezno odstranitev vohunske programske opreme in virusov iz sistema, mora biti protivirusni program v tem sistemu sposoben prepoznati novo zlonamerno programsko opremo v računalniku.
Zlonamerni programski opremi pogosto uspe ne le spremeniti delovanje računalnika, ampak se tudi skrije v računalniški sistem ter oteži odstranjevanje vohunske programske opreme in virusov. To je mogoče storiti na več različnih načinov, čeprav je eden najpogostejših, da virusni program skrije operacijo namestitve zase v zagonskih prioritetah operacijskega sistema (OS). Ko je to storjeno, če je virus odstranjen iz računalnika, bo virus nato znova nameščen, ko se računalnik znova zažene in se OS znova zažene. Če želite odpraviti to težavo in zagotoviti ustrezno odstranitev vohunske programske opreme in virusov, lahko računalnik zaženete v varnem načinu ali z diska OS, ki obide navodilo za namestitev, ki ga je ustvaril virus, in nato zaženete protivirusni program.
Dokler so vsi pomembni podatki na trdem disku ustrezno varnostno kopirani, lahko odstranitev vohunske programske opreme in virusov olajšate tudi s preoblikovanjem pogona. To je skrajni ukrep, vendar je eden od načinov za zagotovitev odstranitve zlonamerne programske opreme. Običajno se je tudi lažje izogniti popolnemu odstranjevanju vohunske programske opreme in virusov z vadbo varnih računalniških navad, zlasti med dostopom do interneta. Izogibati se je treba čudnim povezavam in sumljivim elektronskim sporočilom, zelo koristen pa je lahko tudi protivirusni program, ki pregleduje spletna mesta in povezave.