Odstranjevanje rootkitov je lahko težaven in frustrirajoč postopek, čeprav obstaja več nasvetov, ki lahko postopek nekoliko olajšajo. Nekateri varnostni programi lahko dokaj zanesljivo zaznajo in obravnavajo rootkite, ki so morda prisotni v računalniku, čeprav vsi varnostni in protivirusni programi tega ne zmorejo učinkovito. Ročno odstranite rootkit, čeprav je to za mnoge uporabnike računalnikov morda nepraktično. Odstranitev rootkita lahko zahteva, da se okuženi trdi disk v celoti ponovno formatira in po tem znova namesti kateri koli operacijski sistem (OS) na disku.
Rootkit je vrsta zlonamerne programske opreme ali zlonamerne programske opreme, ki lahko pridobi dostop do računalniškega sistema in se namesti na različnih ravneh operacijskega sistema. Ko je rootkit v sistemu, običajno deluje tako, da skrije druge oblike zlonamerne programske opreme, kot so virusi ali črvi, ali da nepooblaščenim uporabnikom omogoči dostop do računalniškega sistema prek zalednih vrat. Odstranjevanje rootkita pa je lahko zelo težavno zaradi načina, kako rootkit deluje na računalniški sistem, in celo odkrivanje obstoječega rootkita s standardnimi protivirusnimi pregledi ni verjetno. Najboljša in najpreprostejša oblika odstranjevanja rootkita je preprečevanje, običajno z uporabo protivirusne in druge varnostne programske opreme.
Ko je rootkit prisoten v računalniškem sistemu, pa lahko odstranitev rootkita včasih pomaga varnostni program, namenjen odstranjevanju rootkitov. Številni varnostni paketi, kot so protivirusni programi z drugimi varnostnimi funkcijami, nimajo pripomočkov, potrebnih za odstranjevanje rootkitov, zato je pogosto potrebna specializirana programska oprema. Ta programska oprema se običajno mora zagnati s pogona, ki ni okužen, na primer s zgoščenke (CD) ali trdega diska z univerzalnim serijskim vodilom (USB). Tudi ta vrsta odstranjevanja rootkita lahko ne uspe, vendar je odvisno od rootkita in kako dobro je zaščiten pred varnostno programsko opremo.
Ena najučinkovitejših oblik odstranjevanja rootkita, čeprav tudi precej drastična, je, da se okuženi trdi disk popolnoma preoblikuje. To odpravlja vse podatke, ki se nahajajo na pogonu, vključno z datotekami OS, vsemi programi, nameščenimi na pogonu, osebnimi datotekami, ki jih je ustvaril uporabnik, in gonilniki, nameščenimi na tem trdem disku. Ko je trdi disk ponovno formatiran, bi morala biti odstranitev rootkita končana, operacijski sistem in druge datoteke pa je mogoče znova namestiti in namestiti na pogon. Obnovitev datotek z okuženega pogona se lahko izvede pred ponovnim formatiranjem, vendar je treba to narediti previdno, da se zagotovi, da se rootkit ne razširi na napravo, v katero so datoteke kopirane.