Možna je rast plesni na območjih, kjer sta prisotna vlaga in vir hrane. Metode, ki se uporabljajo za čiščenje plesni, so odvisne od več dejavnikov, kot so resnost in lokacija okužbe, razpoložljiva orodja in čistila, vrsta površine, na kateri plesen raste, in kako udobno se posameznik počuti pri čiščenju plesni. Uporaba raztopine detergenta in vode ali belila in vode za čiščenje plesni je eden od načinov za čiščenje plesni. Uporaba visokoenergijskega vakuuma za trdne delce (HEPA) za odstranjevanje spor plesni iz zraka je še en način za čiščenje plesni.
Plesen, ki raste na poroznih površinah, kot so stropne ploščice, preproge ali suhozidi, je običajno težko očistiti. Čiščenje plesni na teh površinah je tako rekoč nemogoče, ker plesen preraste v porozno površino. Odstranjevanje plesni in njenih spor s teh površin je lahko težavno, zaradi česar je zamenjava veliko boljša.
Čiščenje plesni je na splošno učinkovitejše, če plesen raste na trdi površini, kot so talne ploščice, kad iz steklenih vlaken ali okno. Pri manjših plesnivih madežih je treba prizadeto mesto poškropiti z raztopino pol blagega detergenta brez amoniaka in polovico vode, nato pa drgnite, dokler plesen ne izgine. Nato je treba območje popolnoma posušiti. Uporaba razvlaževalnika, ventilatorja ali zraka iz odprtega okna lahko pomaga pospešiti proces sušenja.
Ko čistite plesen na večjem območju, je treba za varnost in zagotovitev odstranitve vseh plesni in spore plesni narediti nekaj dodatnih korakov. Območje je treba čim bolje zatesniti s plastično folijo, prilepljeno okoli vrat in oken. Za čiščenje kalupa lahko uporabite raztopino detergenta in vode ali pa je bolj zaželena raztopina belila in vode. Raztopina belila, sestavljena iz osem unč (0.24 litra) belila, dodanega eni galoni (3.8 litra) vode, na splošno razkuži območje bolje kot detergent in samo voda.
Prizadeta območja je treba poškropiti z raztopino in obrisati. Če uporabljate belilo, je treba raztopino pustiti stati 15 minut. Ko so vsa območja očiščena vidne plesni in suha, je treba spore odstraniti iz zraka v prostoru z uporabo HEPA vakuuma. Ko so iz zraka odstranjene vse spore in je plesen očiščena z vseh površin, je prostor varno ponovno odpreti. Ohranjanje kroženja zraka skozi območje, nagnjeno k plesni, lahko pomaga preprečiti prihodnjo rast.