Najboljši načini za shranjevanje škatel so običajno odvisni od vrste škatel, ki so shranjene, mesta, kjer so shranjene, in od tega, ali so med skladiščenjem napolnjene. Kartonske škatle je običajno najbolje shraniti tako, da jih sploščite in nato zložite ali shranite na straneh. Ko shranjujete škatle na prostem ali na mestu, ki je lahko občutljivo na elemente, kot je dež, jih shranite na način, ki jih ščiti pred poškodbami. Za shranjevanje polnih škatel je pogosto najbolje, da škatle zložite eno na drugo tako, da preprečite poškodbe vsebine.
Obstajajo različne metode, ki se lahko uporabljajo za shranjevanje škatel, običajno glede na materiale, iz katerih so škatle izdelane. Kartonske škatle, na primer, lahko sploščite tako, da jih odprete, kar bo morda zahtevalo rezanje traku. To olajša shranjevanje in omogoča, da škatle med skladiščenjem zavzamejo manj prostora. Po drugi strani pa lahko plastične škatle pogosto preprosto zložite skupaj. Nekateri sistemi za shranjevanje so zasnovani s škatlami različnih velikosti, v tem primeru lahko nekdo shrani škatle drug v drugega, da zahteva manj prostora.
Za shranjevanje škatel na prostem, na primer v lopi ali samostojni garaži, je pogosto najbolje razmisliti o možnih virih škode. Kartonske škatle je običajno treba hraniti na tleh; uporaba nekaj lesenih desk za izdelavo dvignjene ploščadi lahko prepreči poškodbe škatle zaradi vode. To je še posebej pomembno, če želi nekdo shraniti škatle na prostem, v katerih so še predmeti.
Najboljši način za shranjevanje škatel, ki se še vedno uporabljajo, je običajno zlaganje škatel eno na drugo. To je običajno treba storiti z največjimi in najtežjimi škatlami na dnu ter zaporedno lažjimi in manjšimi škatlami na vrhu teh. Težje škatle na vrhu lažjih škatel lahko povzročijo zmečkanje in poškodbe vsebine lažjih škatel, večje škatle na vrhu manjših škatel pa lahko povzročijo, da se sklad pade. Plastične škatle so pogosto oblikovane z dnom, ki ga je lažje zlagati na pokrove takšnih škatel, zaradi česar so te škatle ne le bolj trpežne od kartona, temveč tudi lažje varno zlagati.