Čeprav so na voljo številni antibiotiki za zdravljenje bakterijskih okužb, se nekatere vrste štejejo za najboljše za zdravljenje klamidije. Dva antibiotika prve izbire za klamidijo, ki ju predpisuje večina zdravnikov, sta azitromicin in doksiciklin. Eritromicin, ofloksacin in levofloksacin so vsa zdravila, ki se lahko tudi predpišejo, amoksicilin pa se včasih uporablja za zdravljenje nosečnic. Vsako zdravilo ima prednosti in slabosti glede režima odmerjanja, cene in stranskih učinkov.
Azitromicin velja za enega od dveh najboljših antibiotikov za zdravljenje klamidije. Je zelo enostaven za jemanje, zahteva le en odmerek in ozdravi bolezen v 95 % primerov. Ljudje s kroničnimi, ponavljajočimi se primeri klamidije se še posebej dobro zdravijo s tem zdravilom in velja za varno za uporabo med nosečnostjo. Pomanjkljivosti zdravila so, da je ponavadi dražje od drugih zdravil in lahko povzroči slabost ali bruhanje.
Drugi najbolj zaželen antibiotik za klamidijo je doksiciklin. To zdravilo se za zdravljenje klamidije uporablja dlje kot katero koli drugo in ima, tako kot azitromicin, 95-odstotno uspešnost, če ga jemljemo pravilno. Odmerek pa je veliko manj zaželen, saj ga je treba jemati štirikrat na dan sedem dni, zaradi česar je večja verjetnost, da bolniki ne bodo upoštevali režima pravilno ali do konca. Prav tako lahko povzroči slabost, bruhanje in glivične okužbe pri ženskah, zato se ga ne sme jemati med nosečnostjo ali dojenjem. Ena prednost, ki jo ima, je, da je cenejši od azitromicina.
Obstaja več drugih zdravil, ki se lahko predpišejo kot antibiotiki za klamidijo, za katera je znano, da so učinkoviti pri zdravljenju bolezni. Ofloksacin in levofloksacin, dve podobni zdravili, imata stopnjo ozdravitve primerljivo z azitromicinom in doksiciklinom, vendar sta dražja in zahtevata sedemdnevni režim odmerjanja, prav tako pa povzročata tveganje za poškodbe tetiv med uporabo. Zato imajo malo prednosti pred temi drugimi zdravili. Eritromicin je druga možnost; je cenejši od drugih zdravil in nosečnice ga lahko jemljejo, vendar je manj učinkovit kot nekatera druga zdravila, jemati ga je treba sedem dni in lahko povzroči hudo slabost in bruhanje. Amoksicilin se včasih priporoča tudi za zdravljenje nosečnic s klamidijo, čeprav njegova stopnja ozdravitve ni tako visoka kot azitromicin in ga je treba jemati tudi sedem dni, da je učinkovit.