Indijanci Zuni imajo dolgo zgodovino kot potomci Indijancev Pueblo na jugozahodu Združenih držav. Ljudje so živeli na območju Zuni že od leta 2500 pred našim štetjem. Zgodovina Zunija se začne z Indijanci Anasazi, ki so živeli na območju Zuni 1,000 let preden so tja prispeli prvi Evropejci. Indijanci Anasazi so živeli ob reki v današnji zahodni Novi Mehiki in razvili so sistem namakanega kmetijstva ter izdelovali lončenino in košare, ki so jih Zuni izboljšali. Okoli leta 900 so kmetijske izboljšave Zuni povzročile povečanje prebivalstva in naselje se je razširilo.
Začetek v 1100-ih je pleme Zuni zgradilo značilne bivalne enote pueblo, podobne trgu, ki so obstajale že stoletja. Prebivalstvo se je še naprej povečevalo. Nekje med letoma 1300 in 1500 so Zuni ustanovili sedem mest po regiji. Ta mesta so še vedno močno povezana z zgodovino Zunija, saj je arhitektura ostala skoraj nespremenjena.
Leta 1539 je Španec Fray Marcos de Niza prišel v dolino Zuni v iskanju zlata in bogastva. Fray Marcos je poslal svojega sužnja Estebana naprej, da bi govoril s plemeni. Esteban je želel turkizne in Zuni ženske iz plemen; njegove zahteve so razjezile Zunije in ubili so ga. Fray Marcos se je vrnil v Mehiko in povedal o “sedmih mestih zlata”, ki jih stražijo Zuni. Čeprav so imele te zgodbe malo podlage v resnici, so bili Španci navdušeni.
Naslednje leto je drugi raziskovalec po imenu Francisco Vasquez de Coronado začel napad na vasi Zuni s topovi in mečevalci na konjih. Hitro je premagal branilce Zunija in zasedel vasi. Ker ni našel zlata, je Coronado le za kratek čas zasedel območje, preden je šel na druga področja.
V naslednjih sto letih so španski raziskovalci šli skozi dolino Zuni v iskanju bogastva. Na tem območju je bil ustanovljen katoliški misijon. Številna plemena v regiji so se razburila zaradi španske prevlade in leta 1690 so Indijanci Pueblo začeli usklajen upor, imenovan upor Pueblo. Zuni so požgali katoliško misijo in ubili enega brata. Pleme se je nato umaknilo na mezo, imenovano Dowa Yalanne, kar v jeziku Zuni pomeni “koruzna gora”.
Po 12 letih v Dowa Yalanne so Zuni podpisali pogodbo s Španci in odšli na mezo. Tako se je začelo mirno obdobje v zgodovini Zunija, ki ga je zaznamoval malo stikov z zunanjimi ljudmi. Zuni so zapustili svoje stare vasi in zgradili nov pueblo, imenovan Zuni, severno od reke Zuni. Območne katoliške misijone so propadle.
Medtem je ameriška vlada konsolidirala svoje ozemlje na jugozahodu. Leta 1850 so starešine Zunija odpotovali v Sante Fe, da bi podpisali pogodbo o zaščiti plemenskih dežel. Zgradili so več vasi in podpisali mirovne pogodbe s sosednjimi plemeni. V 1800-ih so Zuni začeli s kovaštvom in izdelovanjem nakita; do 1870-ih se je pleme naučilo vstavljati turkizne kamne v srebrne zapestnice, ogrlice in prstane.
Na prelomu 20. stoletja je bilo v dolini Zuni ustanovljenih več šol. Katoliška misija se je ponovno odprla leta 1921. Zuni so sodelovali z Američani pri gradnji jezov in namakalnih sistemov na tem območju ter še naprej izdelovali nakit: do leta 1945 je prodaja nakita predstavljala 65 % denarnih prihodkov plemena Zuni.
Od osemdesetih do zgodnjih 1980-ih so bili Zuni vključeni v vrsto sodnih bitk za popravo ameriške okupacije plemenskih dežel in predlog za odprtje rudnika premoga v bližini svetega slanega jezera Zuni. Zuni so pridobili nadzor nad jezerom in 2000 milijonov ameriških dolarjev (USD) odškodnine. Boj za ohranitev zgodovine Zuni se nadaljuje, ko pleme ohranja svojo suverenost in odpira nove gospodarske priložnosti za svoje ljudi.