Japonska mitologija se predvsem vrti okoli šintoistične religije in vključuje na tisoče bogov, boginj in duhov. Pravzaprav ima po šintoističnih verovanjih vsak predmet v naravi, od najmanjše skale do največjega drevesa, svojega duha; zaradi tega lahko laiku postane razumevanje glavnih elementov sistema prepričanj nekoliko pretežko. Kljub velikemu številu božanstev v japonski mitologiji pa ima nekaj osrednjih božanstev veliko vlogo, vključno z Amaterasujem, Hachimanom in Susanom.
V šintoistični religiji se božanstva imenujejo “kami”. Izraz pa je več kot samo ime za božanstva, predstavlja tudi življenjsko silo, za katero pravijo, da teče skozi vsako bitje in košček narave na svetu. Po smrti človeški duhovi postanejo kami, in v čast tega so najvplivnejši državljani pogosto pokopani v enem od številnih svetišč, ki jih najdemo po vsej Japonski, da jih lahko dosežejo pobožnosti vernikov.
Susano, kami neviht, je neizprosno vezan na okolje Japonske. Japonska je obkrožena z vodo in včasih je ta voda lahko še posebej nemirna, zato se umaknejo močnim tajfunom in ogromnim cunamijem. Japonska v delu pacifiškega ognjenega obroča, izraz, ki se uporablja za opis območja, ki je nagnjeno k potresom in vulkanskim izbruhom. Menijo, da Susano malo skrbi za zemljo in njene ljudi.
Amaterasu je sonce in kami plodnosti v japonski mitologiji in eden najpomembnejših kamijev. Ima veliko vlogo pri ustvarjanju svetlobe, ki omogoča, da riževa polja, ena glavnih japonskih poljščin, rastejo vsako sezono. Njen vnuk Ninigi no Mikoto naj bi bil dedek Jimmuja Tenna, prvega japonskega božanskega cesarja. Čeprav cesar ne vlada več Japonski, je simbolna vloga kraljeve družine za narod zelo pomembna.
Hachiman je predvsem kami vojne in bojevnikov, častijo pa ga tudi tisti, ki delajo v ribiški in kmetijski industriji. Samuraji, skupina visoko izurjenih in močno zvestih japonskih bojevnikov, iščejo zaščito pri Hachimanu. Je eno najbolj priljubljenih božanstev na Japonskem, ki mu je posvečenih na tisoče svetišč po vsej državi.
Japonska mitologija vsebuje tudi številne zgodbe o zlih duhovih, večina obredov, ki se izvajajo v državi, pa je namenjena preprečitvi, da bi ti duhovi povzročili škodo. Eden priljubljenih obredov se zgodi pred novim letom, ko Japonci očistijo svoje domove in z metlo pometejo zle duhove. Cedrovo listje lahko postavite tudi nad vhod v japonski dom, da preprečite Amazake-babaa, starejšo žensko, ki prinese bolezen vsem, ki odprejo vrata, ko potrka.